Tekst źródłowy strony TI/Programowanie dla Fizyków Medycznych/Morfologia matematyczna

==Morfologia Matematyczna==
<source lang="python">
import numpy as np
import pylab as py
a=np.zeros((100,100),dtype=np.bool)
a[30:50,30:50]=True
a[50:70,50:70]=True
        
brush7=np.array([[0,0,1,1,1,0,0],[0,1,1,1,1,1,0],[1,1,1,1,1,1,1],[1,1,1,1,1,1,1],[1,1,1,1,1,1,1],[0,1,1,1,1,1,0],[0,0,1,1,1,0,0]],dtype=np.bool)
py.imshow(a, cmap=py.cm.gray,  interpolation='nearest')
py.show()
</source>

[[Plik:morfologia1.png]]

Przydatna będzie procedura
<source lang="python">
def brush2list(brush):
    result=[]
    N=brush.shape[0]
    middle=N/2
    for x in range(N):
        for y in range(N):
            if brush[x,y]: result.append((x-middle,y-middle))
    return result
</source>

===Dylacja===
<source lang="python">
def dylacja(fig,brush=np.array([[0,1,0],[1,1,1],[0,1,0]],dtype=np.bool)):
    result=np.zeros(fig.shape)
    brush_list=brush2list(brush)
    for x in range(3,fig.shape[0]-3):
        for y in range (3,fig.shape[1]-3):
            result[x,y]=max([fig[x+x_shift,y+y_shift] for (x_shift,y_shift) in brush_list])
    return result

py.imshow(dylacja(a,brush7), cmap=py.cm.gray,  interpolation='nearest')
py.show()
</source>

[[Plik:morfologia-dylacja.png]]

===Erozja===
<source lang="python">
def erozja(fig,brush=np.array([[0,1,0],[1,1,1],[0,1,0]],dtype=np.bool)):
    result=np.zeros(fig.shape)
    brush_list=brush2list(brush)
    for x in range(3,fig.shape[0]-3):
        for y in range (3,fig.shape[1]-3):
            result[x,y]=min([fig[x+x_shift,y+y_shift] for (x_shift,y_shift) in brush_list])
    return result

py.imshow(erozja(a,brush7), cmap=py.cm.gray,  interpolation='nearest')
py.show()
</source>

[[Plik:morfologia-erozja.png]]

===Otwarcie i zamknięcie===
<source lang="python">
def otwarcie(fig,brush=np.array([[0,1,0],[1,1,1],[0,1,0]],dtype=np.bool)):
    return dylacja(erozja(fig,brush),brush)

def zamkniecie(fig,brush=np.array([[0,1,0],[1,1,1],[0,1,0]],dtype=np.bool)):
    return erozja(dylacja(fig,brush),brush)

py.imshow(otwarcie(a,brush7), cmap=py.cm.gray,  interpolation='nearest')
py.show()
py.imshow(zamkniecie(a,brush7), cmap=py.cm.gray,  interpolation='nearest')
py.show()
</source>

[[Plik:morfologia-otwarcie.png]]

[[Plik:morfologia-zakmniecie.png]]

==Filtr medianowy===
<source lang="python">
def medianowy(fig,brush=np.array([[0,1,0],[1,1,1],[0,1,0]],dtype=np.bool)):
    result=np.zeros(fig.shape)
    brush_list=brush2list(brush)
    for x in range(3,fig.shape[0]-3):
        for y in range (3,fig.shape[1]-3):
            result[x,y]=np.median([fig[x+x_shift,y+y_shift] for (x_shift,y_shift) in brush_list])
    return result
</source>
Służy do usuwania szumu.
<source lang="python">
for x,y in np.ndindex(a.shape):
    if (np.random.random()<0.05): a[x,y]=False
    if (np.random.random()>0.95): a[x,y]=True


py.imshow(a, cmap=py.cm.gray,  interpolation='nearest')
py.show()
a=medianowy(a)
py.imshow(a, cmap=py.cm.gray,  interpolation='nearest')
py.show()
a=medianowy(a)
py.imshow(a, cmap=py.cm.gray,  interpolation='nearest')
py.show()
a=medianowy(a)
py.imshow(a, cmap=py.cm.gray,  interpolation='nearest')
py.show()
</source>

[[Plik:morfologia-zaszumiony1.png]]

[[Plik:morfologia-zaszumiony2.png]]

[[Plik:morfologia-zaszumiony3.png]]

[[Plik:morfologia-zaszumiony4.png]]

[["Programowanie dla Fizyków Medycznych"]]