<?xml version="1.0"?>
<feed xmlns="http://www.w3.org/2005/Atom" xml:lang="pl">
	<id>http://brain.fuw.edu.pl/edu/index.php?action=history&amp;feed=atom&amp;title=%22Programowanie_dla_Fizyk%C3%B3w_Medycznych%22%2FimageJ_1</id>
	<title>&quot;Programowanie dla Fizyków Medycznych&quot;/imageJ 1 - Historia wersji</title>
	<link rel="self" type="application/atom+xml" href="http://brain.fuw.edu.pl/edu/index.php?action=history&amp;feed=atom&amp;title=%22Programowanie_dla_Fizyk%C3%B3w_Medycznych%22%2FimageJ_1"/>
	<link rel="alternate" type="text/html" href="http://brain.fuw.edu.pl/edu/index.php?title=%22Programowanie_dla_Fizyk%C3%B3w_Medycznych%22/imageJ_1&amp;action=history"/>
	<updated>2026-05-03T15:19:20Z</updated>
	<subtitle>Historia wersji tej strony wiki</subtitle>
	<generator>MediaWiki 1.34.1</generator>
	<entry>
		<id>http://brain.fuw.edu.pl/edu/index.php?title=%22Programowanie_dla_Fizyk%C3%B3w_Medycznych%22/imageJ_1&amp;diff=7467&amp;oldid=prev</id>
		<title>Jginter: Utworzono nową stronę &quot;==Jak używać programu ImageJ?==  Program ImageJ jest użyteczny nie tylko ze względu na możliwość otworzenia i zobaczenia zdjęcia diagnostycznego. To program, kt...&quot;</title>
		<link rel="alternate" type="text/html" href="http://brain.fuw.edu.pl/edu/index.php?title=%22Programowanie_dla_Fizyk%C3%B3w_Medycznych%22/imageJ_1&amp;diff=7467&amp;oldid=prev"/>
		<updated>2018-01-25T11:40:39Z</updated>

		<summary type="html">&lt;p&gt;Utworzono nową stronę &amp;quot;==Jak używać programu ImageJ?==  Program ImageJ jest użyteczny nie tylko ze względu na możliwość otworzenia i zobaczenia zdjęcia diagnostycznego. To program, kt...&amp;quot;&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;&lt;b&gt;Nowa strona&lt;/b&gt;&lt;/p&gt;&lt;div&gt;==Jak używać programu ImageJ?==&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Program ImageJ jest użyteczny nie tylko ze względu na możliwość otworzenia i zobaczenia zdjęcia diagnostycznego. To program, który pozwala na edycję obrazów oraz ich analizę. Bardzo ważną cechą jest również dostosowanie do potrzeb użytkownika przez możliwość dodawania potrzebnych wtyczek czy makra.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Podstawowe informacje===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;figure id=&amp;quot;uid44&amp;quot;&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;table class=&amp;quot;wikitable&amp;quot;&amp;gt;&lt;br /&gt;
	&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;b&amp;gt;Instalacja:&amp;lt;/b&amp;gt;&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
		&amp;lt;td&amp;gt;Program można pobrać bezpośrednio ze strony: http://imagej.nih.gov/ij/&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
	&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
	&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;b&amp;gt;Konfiguracja pamięci:&amp;lt;/b&amp;gt;&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
		&amp;lt;td&amp;gt;ImageJ jest aplikacją napisaną w Javie. Aby uruchomić program napisany&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
	&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
	&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
		&amp;lt;td&amp;gt;w Javie trzeba wcześniej zdefiniować ilość pamięci. Robi się to wybierając&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
	&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
	&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
		&amp;lt;td&amp;gt;z menu &amp;lt;i&amp;gt;Edit&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Options&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Memory &amp;amp; Threads&amp;lt;/i&amp;gt;.&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
	&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
	&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;b&amp;gt;Uaktualnienia:&amp;lt;/b&amp;gt;&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
		&amp;lt;td&amp;gt;Najnowszą wersją w chwili obecnej jest ImageJ 1.47m. Aby sprawdzić&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
	&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
	&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
		&amp;lt;td&amp;gt;aktualną wersję programu należy skorzystać z menu &amp;lt;i&amp;gt;Help&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;About ImageJ&amp;lt;/i&amp;gt;.&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
	&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
	&amp;lt;tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
		&amp;lt;td&amp;gt;&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
		&amp;lt;td&amp;gt;Żeby dokonać uaktualnienia trzeba wybrać z menu &amp;lt;i&amp;gt;Help&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Update ImageJ&amp;lt;/i&amp;gt;.&amp;lt;/td&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
	&amp;lt;/tr&amp;gt;&lt;br /&gt;
&amp;lt;/table&amp;gt;&lt;br /&gt;
&amp;lt;/figure&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====ImageJ - katalogi====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Katalog, w którym został zainstalowany ImageJ, zawiera dodatkowo następujące elementy:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;ul&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
	&amp;lt;li&amp;gt;&lt;br /&gt;
	plik &amp;lt;b&amp;gt;ij.jar&amp;lt;/b&amp;gt; –czyli program ImageJ. Podczas uaktualnienia plik ten jest zastępowany na nowy.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
	&amp;lt;li&amp;gt;&lt;br /&gt;
	plik &amp;lt;b&amp;gt;ImageJ.cfg&amp;lt;/b&amp;gt; – ten plik zawiera konfigurację pamięci dla ImageJ.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
	&amp;lt;li&amp;gt;&lt;br /&gt;
	katalog &amp;lt;b&amp;gt;macros&amp;lt;/b&amp;gt; – ten katalog zawiera makra czyli małe programy napisane w specjalnym języku do tego stworzonym.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
	&amp;lt;li&amp;gt;&lt;br /&gt;
	katalog &amp;lt;b&amp;gt;plugins&amp;lt;/b&amp;gt; – ten katalog zanier wtyczki, które pozwalają na większą funkcjonalność programu. Wtyczki, które się w nim znajdują można znaleźć również w menu &amp;lt;i&amp;gt;Plugins&amp;lt;/i&amp;gt;.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;/ul&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;Zadanie 3.&amp;lt;/b&amp;gt; W katalogu macros znajdź plik &amp;lt;i&amp;gt;Mandelbrot.txt&amp;lt;/i&amp;gt; i przeciągnij go do okna głównego programu ImageJ. Co się stanie w tej sytuacji?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a). Jeśli wykonamy to makro używając polecenia &amp;lt;i&amp;gt;Macros&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Run Macro&amp;lt;/i&amp;gt; z menu, to co otrzymamy?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b). Zapisz makro Mandelbrot.txt pod nazwą Mandelbrot_.txt w katalogu ImageJ/plugins/Examples. Możesz użyć polecenia z editor makro &amp;lt;i&amp;gt;File&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Save As….&amp;lt;/i&amp;gt; Zamknij wszystkie otwarte okna w ImageJ. Żeby odświeżyć wtyczki należy wybrać z menu &amp;lt;i&amp;gt;Help&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Refresh Menus&amp;lt;/i&amp;gt;. Wykonaj makro używając polecenia z menu &amp;lt;i&amp;gt;Plugins&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Examples&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Mandelbrot&amp;lt;/i&amp;gt;.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c) Przytrzymując klawisz shift, wybierz &amp;lt;i&amp;gt;Plugins&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Examples&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Mandelbrot&amp;lt;/i&amp;gt;. Co się stało?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;Rozwiązanie&amp;lt;/b&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;figure id=&amp;quot;uid50&amp;quot;&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
[[File:mandelbrot.png|500px|thumb|center|]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
[[File:makro-edytor.png|500px|thumb|center|]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;/figure&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Otwieranie plików====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Istnieją dwie możliwości otwierania plików graficznych. Można użyć polecenia z menu &amp;lt;i&amp;gt;File&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Open…&amp;lt;/i&amp;gt; (&amp;lt;i&amp;gt;ctrl+o&amp;lt;/i&amp;gt;) lub przeciągnąć plik bezpośrednio z katalogu do głównego okna programu (ang. ImageJ launcher window).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;Zadanie 4.&amp;lt;/b&amp;gt; Używamy katalogu &amp;lt;b&amp;gt;WMD_2017&amp;lt;/b&amp;gt; na pulpicie.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
a). Otwórz zdjęcie &amp;lt;b&amp;gt;dapi.tif&amp;lt;/b&amp;gt; z tego katalogu. Spróbuj różnych możliwości otwierania plików w programie ImageJ. Wypróbuj kombinację klawiszy: &amp;lt;i&amp;gt;ctrl+shift+o&amp;lt;/i&amp;gt;. Jaka jest funkcja tego polecenia? Otwórz jednocześnie kilka zdjęć.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
b). Otwórz obrazy z katalogu &amp;lt;b&amp;gt;\WMD_2017\LADJAN_MRI\t1_vibe_tra - 3&amp;lt;/b&amp;gt; przez przeciągnięcie tego katalogu do okna głównego ImageJ. Następnie otwórz je za pomocą &amp;lt;i&amp;gt;File&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Import&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Image Sequence…&amp;lt;/i&amp;gt;.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
c). Otwórz ten sam plik dwukrotnie. Co się dzieje z tytułem zdjęcia?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
d). Otwórz zdjęcie &amp;lt;b&amp;gt;cafe.lsm&amp;lt;/b&amp;gt;. Zdjęcie jest przykładem tzw. hyperstack. Składa się ono z dwóch warstw. Numer kanału jest wyświetlany na górze/dole zdjęcia. Wykorzystaj polecenie: &amp;lt;i&amp;gt;Run Image&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Color&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Channels Tool…&amp;lt;/i&amp;gt; i zmień parametry wyświetlania.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
e). Spróbuj otworzyć zdjęcie &amp;lt;b&amp;gt;FC green-40X sec.ics&amp;lt;/b&amp;gt;.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;Zadanie 5.&amp;lt;/b&amp;gt; Za pomocą programu ImageJ otwórz plik z katalogu DICOM: MonochromeSample.dcm. Odczytaj i zinterpretuj informacje zawarte w Dicom-Meta-Information-Header.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;Rozwiązanie&amp;lt;/b&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
[[File:mono-dicom-meta.png|700px|thumb|center|&amp;lt;figure id=&amp;quot;uid52&amp;quot; /&amp;gt;Widok zdjęcia i pliku meta w ImageJ.]]&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
===Ważne narzędzia===&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Podstawowe funkcje dostępne w programie ImageJ będą dyskutowane z użyciem odpowiednich przykładów bez wstępu teoretycznego.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Piksele, powiększanie, przewijanie====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;Zadanie 6.&amp;lt;/b&amp;gt; Sprawdź następujące funkcje z użyciem pliku &amp;lt;b&amp;gt;duck.bmp&amp;lt;/b&amp;gt;:&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;ul&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
	&amp;lt;li&amp;gt;&lt;br /&gt;
	niektóre informacje dotyczące zdjęcia znajdują się w górnej części okna: rozmiar zdjęcia w pikselach (np. 650 x 515), rodzaj (np. 8-bit) i rozmiar zdjęcia w pamięci komputera (np. 327K);&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
	&amp;lt;li&amp;gt;&lt;br /&gt;
	powiększanie/zmniejszanie jest możliwe na dwa sposoby: klikając w lupę znajdującą się w pasku głównym lub używając “+” i “-” z klawiatury;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
	&amp;lt;li&amp;gt;&lt;br /&gt;
	jeśli obraz jest większy niż okno, to w górnym lewym rogu pojawia się wskaźnik pozycji;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
	&amp;lt;li&amp;gt;&lt;br /&gt;
	po powiększeniu obrazu i pojawieniu się wskaźnika pozycji, przewijanie zdjęcia jest możliwe za pomocą narzędzia do przewijania (symbol łapki w pasku głównym); po wybraniu opcji należy kliknąć na obraz i bez odrywania myszy przesuwać po obrazie;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
	&amp;lt;li&amp;gt;&lt;br /&gt;
	inną możliwością przewijania obrazu jest użycie klawisza spacji; korzyścią tego sposobu jest to, że jednocześnie możemy używać innych funkcji z paska głównego;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
	&amp;lt;li&amp;gt;&lt;br /&gt;
	na pasku postępu (tuż pod paskiem głównym) znajduje się aktualna pozycja piksela, na który wskazujemy myszą oraz wartość tego piksela, np. w skali szarości (mogą być to trzy wartości w przypadku RGB).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;/ul&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;Zadanie 7.&amp;lt;/b&amp;gt; Otwórz plik &amp;lt;b&amp;gt;dapi.tif&amp;lt;/b&amp;gt; z katalogu &amp;lt;b&amp;gt;podstawowe_info&amp;lt;/b&amp;gt;.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;a).&amp;lt;/b&amp;gt; Jakie jest największe możliwe powiększenie zdjęcia, a jakie największe zmniejszenie?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;b).&amp;lt;/b&amp;gt; Jaka jest wartość piksela w skali szarości dla współrzędnych &amp;lt;math&amp;gt;x=32&amp;lt;/math&amp;gt; i &amp;lt;math&amp;gt;y=456&amp;lt;/math&amp;gt;? Jaka jest ta wartość dla &amp;lt;math&amp;gt;x=429&amp;lt;/math&amp;gt; i &amp;lt;math&amp;gt;y=125&amp;lt;/math&amp;gt;?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;c).&amp;lt;/b&amp;gt; Jaka jest szerokość i wysokość obrazu? Jaki to typ i ile miejsca zajmuje w pamięci komputera?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;d).&amp;lt;/b&amp;gt; Przesuń mysz na obraz. W którym kierunku wartości współrzędnej &amp;lt;math&amp;gt;x&amp;lt;/math&amp;gt; rosną? Jak to jest w przypadku drugiej współrzędnej? Narysuj układ współrzędnych.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;e).&amp;lt;/b&amp;gt; Możliwa jest zmiana orientacji osi &amp;lt;math&amp;gt;y&amp;lt;/math&amp;gt; używając polecenia &amp;lt;i&amp;gt;Analyze&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Set Measurements&amp;lt;/i&amp;gt;, a następnie wybierając opcję &amp;lt;i&amp;gt;Invert &amp;lt;math&amp;gt;Y&amp;lt;/math&amp;gt; coordinates&amp;lt;/i&amp;gt;. Przesuń mysz na obraz ponownie. Jak teraz wygląda układ współrzędnych?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;Rozwiązanie:&amp;lt;/b&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;a).&amp;lt;/b&amp;gt; &amp;lt;b&amp;gt;max 3200%, min 3.1%&amp;lt;/b&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;b).&amp;lt;/b&amp;gt; &amp;lt;b&amp;gt;1, 239&amp;lt;/b&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;c).&amp;lt;/b&amp;gt; &amp;lt;b&amp;gt;650x515, 8-bit, 327K&amp;lt;/b&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;d).&amp;lt;/b&amp;gt; &amp;lt;b&amp;gt;w prawo, w dół&amp;lt;/b&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;e).&amp;lt;/b&amp;gt; &amp;lt;b&amp;gt;w prawo, w górę&amp;lt;/b&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Zaznaczanie obszaru====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Do zaznaczania obszaru służy narzędzie oznaczone jako prostokąt w głównym pasku programu. Jeśli jest on aktywny, możemy klikając na punkt na zdjęciu i przesuwając myszą zaznaczyć interesujący nas obszar. Podczas tej czynności na pasku postępu pojawiają się informacje o szerokości, wysokości oraz współczynnik proporcjonalności obrazu. Żeby zakończyć zaznaczanie obszaru należy uwolnić mysz. Nawet po zwolnieniu myszy można edytować zaznaczony rejon.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;Zadanie 8.&amp;lt;/b&amp;gt; Wszystkie czynności wykonuj na otworzonym już pliku &amp;lt;b&amp;gt;dapi.tif&amp;lt;/b&amp;gt;.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;a).&amp;lt;/b&amp;gt; Wybierz z paska głównego symbol prostokąta i zaznacz dowolne pole. Następnie zmień jego rozmiar. Znajdź w manualu, znajdującym się w [https://imagej.nih.gov/ij/docs/guide/146-Part-VI.html], skróty klawiszowe związane z opcją zaznaczenia i napisz do czego one konkretnie służą. Wypróbuj je.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;b).&amp;lt;/b&amp;gt; Sprawdź, jaka jest rola klawisza &amp;lt;i&amp;gt;shift&amp;lt;/i&amp;gt; i &amp;lt;i&amp;gt;alt&amp;lt;/i&amp;gt;, gdy chcemy zaznaczyć kolejny obszar. Przesuń stworzony przez siebie obszar (obszar powinien składać się z kilku elementów).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;c).&amp;lt;/b&amp;gt; Zmień kolor zaznaczenia na magenda (&amp;lt;i&amp;gt;Edit&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Options&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Colors&amp;lt;/i&amp;gt;).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;d).&amp;lt;/b&amp;gt; Kliknij prawym przyciskiem myszy na symbol prostokąta na pasku głównym i wybierz opcję &amp;lt;i&amp;gt;rounded rectangle&amp;lt;/i&amp;gt;. Jaki teraz kształt ma wybrany obszar? Żeby zmienić ustawienie koloru dla &amp;lt;i&amp;gt;rounded rectangle&amp;lt;/i&amp;gt;, wystarczy dwa razy kliknąć przycisk na pasku głównym.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;e).&amp;lt;/b&amp;gt; Po podwójnym kliknięciu na przycisk &amp;lt;i&amp;gt;rounded rectangle&amp;lt;/i&amp;gt; zmień wartość promienia zakrzywienia. Zaznacz kilka obszarów z różnymi kantami.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;f).&amp;lt;/b&amp;gt; Przećwicz używanie pozostałych narzędzi do zaznaczania łącznie z rysowaniem własnoręcznym. Zauważ, że podczas jego używania wystarczy uwolnić mysz w pobliżu początku zaznaczania, a obszar zamknie się automatycznie.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;g).&amp;lt;/b&amp;gt; Po zaznaczeniu obszaru użyj polecenia &amp;lt;i&amp;gt;Image&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Crop&amp;lt;/i&amp;gt;. Co się stało? Żeby wrócić do poprzedniej wersji zdjęcia, należy użyć polecenia &amp;lt;i&amp;gt;File&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Revert&amp;lt;/i&amp;gt; (&amp;lt;i&amp;gt;ctrl+r&amp;lt;/i&amp;gt;). Zaznacz obszar ponownie i użyj polecenia &amp;lt;i&amp;gt;Image&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Duplicate&amp;lt;/i&amp;gt; (&amp;lt;i&amp;gt;shift+d&amp;lt;/i&amp;gt;). Co się stało tym razem?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;Rozwiązanie:&amp;lt;/b&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;a).&amp;lt;/b&amp;gt; Shift - zaznaczenie ogranicza się do kwadratu&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Alt - zmiana rozmiaru, ale zaznaczenie jest przez cały czas zaczepione w jednym miejscu&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Ctrl - zaznaczenie zmienia rozmiar wokół środka&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Ctrl Alt - zmiana rozmiaru przy zachowanych proporcjach&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;g).&amp;lt;/b&amp;gt; &amp;lt;i&amp;gt;Image&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Crop&amp;lt;/i&amp;gt; wycina obraz do rozmiarów zaznaczenia. &amp;lt;i&amp;gt;Image&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Duplicate&amp;lt;/i&amp;gt; tworzy nowy obraz tylko z zaznaczeniem.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Pomiar i tabele z wynikami====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Polecenie &amp;lt;i&amp;gt;Analyze&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Measure&amp;lt;/i&amp;gt; (&amp;lt;i&amp;gt;ctr+m&amp;lt;/i&amp;gt;) pozwala na pomiar parametrów całego obrazu lub zaznaczonego obszaru. Korzystając z polecenia &amp;lt;i&amp;gt;Analyze&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Set Measurements&amp;lt;/i&amp;gt;, mamy możliwość wybrania wielkości, które zostaną zmierzone. Wartości te są zapisywane i wyświetlane z tabeli z wynikami globalnymi.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;Zadanie 9.&amp;lt;/b&amp;gt; W dalszym ciągu korzystamy z pliku &amp;lt;b&amp;gt;dapi.tif&amp;lt;/b&amp;gt;.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;a).&amp;lt;/b&amp;gt; Zaznacz własnoręcznie obszar jądra, a następnie zmierz jego powierzchnię i średnią wartość w skali szarości. Powtórz to samo dla kilku jąder. Jak zmienią się wyniki, jeśli powtórzymy procedury dla powiększonego zdjęcia?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;b).&amp;lt;/b&amp;gt; Skorzystaj z polecenia &amp;lt;i&amp;gt;File&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Duplicate&amp;lt;/i&amp;gt;, żeby zrobić kopię tabeli z wynikami. Zmierz nowe zaznaczenie. Do której tabeli został dopisany wynik?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;c).&amp;lt;/b&amp;gt; Skorzystaj z polecenia &amp;lt;i&amp;gt;File&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Rename&amp;lt;/i&amp;gt; i zmień nazwę oryginalnej tabeli z wynikami (Results &amp;lt;math&amp;gt;\rightarrow &amp;lt;/math&amp;gt; old). Zmierz nowe zaznaczenie i sprawdź do której tabeli został dopisany pomiar.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;d).&amp;lt;/b&amp;gt; Skasuj wszystkie wyniki poleceniem &amp;lt;i&amp;gt;Results&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Clear Results&amp;lt;/i&amp;gt; i zmierz co najmniej 3 jądra ponownie. Jaka jest wartość średnia, odchylenie standardowe, wartość minimalna, maksymalna oraz rozkład wartości zmierzonych powierzchni? Użyj poleceń &amp;lt;i&amp;gt;Results&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Summarize&amp;lt;/i&amp;gt; i &amp;lt;i&amp;gt;Results&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Distribution&amp;lt;/i&amp;gt;, żeby dostać odpowiedzi.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;Rozwiązanie:&amp;lt;/b&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;b).&amp;lt;/b&amp;gt; i &amp;lt;b&amp;gt;c).&amp;lt;/b&amp;gt; Nowe pomiary są dodawane do tabeli o nazwie &amp;lt;i&amp;gt;Results&amp;lt;/i&amp;gt;. Jeśli takiego okna nie ma, to otwierane jest nowe.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Linijka, profil i punkt====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Trzy możliwe opcje funkcji linijka są dostępne w programie: linia ciągła, linia łamana i dowolna linia rysowana przez użytkownika. W przypadku tworzenia linii ciągłej i łamanej na pasku postępu pojawia się długość rysowanej linii oraz kąt mierzony względem osi &amp;lt;math&amp;gt;x&amp;lt;/math&amp;gt;.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;Zadanie 10.&amp;lt;/b&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;a).&amp;lt;/b&amp;gt; Użyj linii ciągłej, żeby oszacować odległość pomiędzy środkami najbliżej położonych jąder.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;b).&amp;lt;/b&amp;gt; Użyj linii ciągłej, żeby oszacować średnice jąder.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;c).&amp;lt;/b&amp;gt; Użyj linii łamanej, żeby oszacować obwód jąder.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;d).&amp;lt;/b&amp;gt; Własnoręcznie narysuj linię, żeby oszacować obwód jąder.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;e).&amp;lt;/b&amp;gt; Użyj narzędzia &amp;lt;i&amp;gt;Angle tool&amp;lt;/i&amp;gt;, żeby oszacować kąty pomiędzy trzema najbliższymi jądrami.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Narzędzie linijka może być użyte to stworzenia profili. Profil zawiera intensywność wartości wzdłuż narysowanej linii. Procedura jest następująca: na początku rysujemy linię wzdłuż jądra, następnie kliknij klawisz k (skrót od &amp;lt;i&amp;gt;Analyze&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Plot profile&amp;lt;/i&amp;gt;). Jeśli grubość linii jest większa niż 1, profil będzie uśredniony po szerokości. Żeby zmienić grubość linii, należy kliknąć dwukrotnie na symbol linii na pasku głównym programu.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;Zadanie 11.&amp;lt;/b&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;a).&amp;lt;/b&amp;gt; Użyj profilu, żeby oszacować średnicę jądra. Zauważ, że wykres jest obrazem samym w sobie, więc możesz do jego analizy możesz użyć narzędzi ImageJ. Czy jest jakaś korzyść z używania profili zamiast pomiaru średnicy na oryginalnym obrazie?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;b).&amp;lt;/b&amp;gt; Stwórz profile wzdłuż jądra. Nie zmieniając żadnych dodatkowych parametrów, zmień grubość linii i stwórz kolejny wykres. Co się zmieniło?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;c).&amp;lt;/b&amp;gt; Stwórz profile wzdłuż jądra, następnie wydłuż linię i stwórz kolejny profil. Jaka jest różnica pomiędzy profilami? Zmierz odległość pomiędzy dwoma punktami na wykresach. Czy wyniki, które otrzymałeś, są jednakowe? Wskazówka: popatrz na wielkość pikseli (&amp;lt;i&amp;gt;Image&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Properties&amp;lt;/i&amp;gt;).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;d).&amp;lt;/b&amp;gt; Stwórz profile wzdłuż jądra. Wybierz opcję &amp;lt;i&amp;gt;List&amp;lt;/i&amp;gt; na dole okna profilu. Skopiuj wszystkie wartości (&amp;lt;i&amp;gt;ctrl+a&amp;lt;/i&amp;gt;, żeby zaznaczyć wszystko i &amp;lt;i&amp;gt;ctrl+c&amp;lt;/i&amp;gt;, żeby skopiować). Otwórz opcję &amp;lt;i&amp;gt;Curve Fitter&amp;lt;/i&amp;gt; z menu &amp;lt;i&amp;gt;Analyze&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Tools&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Curve Fitting&amp;lt;/i&amp;gt;. Skasuj wartości, które się tam znajdują i wklej wartości skopiowane (&amp;lt;i&amp;gt;ctrl+v&amp;lt;/i&amp;gt;). Dopasuj rozkład Gaussa do punktów pomiarowych.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;Rozwiązanie:&amp;lt;/b&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;a).&amp;lt;/b&amp;gt; W zależności od ustawień wyświetlania obiektu może być on mniejszy lub większy. W profilu poziom tła jest często dobrze widoczny i pomiar średnicy powyżej niego jest możliwy.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;b).&amp;lt;/b&amp;gt; Profil jest gładszy ponieważ jest uśredniony.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;c).&amp;lt;/b&amp;gt; Profile mają różne rozmiary. Jakkolwiek mają również różne skale, więc pomiary korespondują z odległościami na oryginalnym obrazie. Czyli otrzymane wyniki powinny być takie same. Rozmiar piksela w obu profilach jest inny.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Do zliczania obiektów na zdjęciu służy polecenie zaznaczania punktu. Żeby dodać punkty, należy użyć klawisza shift lub narzędzie zaznaczania wielokrotnego punktów. Do kasowania punktów służy alt.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;Zadanie 12.&amp;lt;/b&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;a).&amp;lt;/b&amp;gt; Zaznacz trzy dowolne jądra, następnie dodaj punkt gdzieś w tle i kontynuuj z dodawaniem punktów w obszarze pozostałych jąder. Skasuj punkt z tła. Co się stało z numeracją zaznaczonych punktów?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;b).&amp;lt;/b&amp;gt; Zachowaj zdjęcie z zaznaczonymi punktami w formacie tif (&amp;lt;i&amp;gt;File&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Save As&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Tiff&amp;lt;/i&amp;gt;). Zamknij stare zdjęcie i otwórz to, które przed chwilą zachowałeś (&amp;lt;i&amp;gt;File&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Open&amp;lt;/i&amp;gt;). Co się stało z zaznaczeniem? Czy możesz je modyfikować?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;c).&amp;lt;/b&amp;gt; Sprawdź opcję pomiaru automatycznego, które uruchamia się poprzez dwukrotne kliknięcie na symbol punktu z paska głównego. Co ta opcja robi?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;d).&amp;lt;/b&amp;gt; Czy można używać funkcji zaznaczania punktów z opcją &amp;lt;i&amp;gt;Auto-Measure&amp;lt;/i&amp;gt; i &amp;lt;i&amp;gt;Auto-Next Slice&amp;lt;/i&amp;gt;, żeby śledzić żółte cząstki w czasie z pliku &amp;lt;b&amp;gt;moving-particles.tif&amp;lt;/b&amp;gt; z katalogu &amp;lt;b&amp;gt;narzedzia_1&amp;lt;/b&amp;gt;?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Tło i obsługa ROI====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Narzędzie o nazwie &amp;lt;i&amp;gt;magic wand&amp;lt;/i&amp;gt; pozwala dokonać selekcji połączonych pikseli na zdjęciu. Istnieją dwie możliwości dokonania wyboru pikseli: piksele o tej samej intensywności (ewentualnie plus-minus tolerancja) lub piksele tła czyli wszystkie piksele o intensywnościach większych niż dana wartość minimalna lub o intensywnościach mniejszych niż dana wartość maksymalna. Minimalna i maksymalna wartość tła może być wybrana przez dopasowanie, które można otworzyć używając polecenia &amp;lt;i&amp;gt;Image&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Adjust&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Threshold&amp;lt;/i&amp;gt; (&amp;lt;i&amp;gt;shift+t&amp;lt;/i&amp;gt;). Należy zmienić mod z &amp;lt;i&amp;gt;Red&amp;lt;/i&amp;gt; na &amp;lt;i&amp;gt;Over/Under&amp;lt;/i&amp;gt;.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Każde kliknięcie z użyciem &amp;lt;i&amp;gt;wand-tool&amp;lt;/i&amp;gt; tworzy selekcję. Żeby usunąć ją ze zdjęcia, należy użyć kombinacji klawiszy &amp;lt;i&amp;gt;ctrl+shift+a&amp;lt;/i&amp;gt;.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;Zadanie 13.&amp;lt;/b&amp;gt; Otwórz ponownie plik &amp;lt;b&amp;gt;dapi.tif&amp;lt;/b&amp;gt;.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;a).&amp;lt;/b&amp;gt; Użyj narzędzia &amp;lt;i&amp;gt;wand-tool&amp;lt;/i&amp;gt; łącznie z opcją wyboru tła, żeby wybrać jądra. Zmierz jądra. Jaki jest najmniejszy i największy obwód jądra oraz najmniejsza i największa średnica?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;b).&amp;lt;/b&amp;gt; Użyj &amp;lt;i&amp;gt;wand-tool&amp;lt;/i&amp;gt;, żeby wybrać wszystkie jądra w jednej selekcji (shift). Jaki procent powierzchni zdjęcia jest pokryty przez jądra? Wskazówka – żeby wybrać całe zdjęcie, trzeba użyć &amp;lt;i&amp;gt;ctrl+a&amp;lt;/i&amp;gt;.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;Rozwiązanie:&amp;lt;/b&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;a).&amp;lt;/b&amp;gt; obwód: min. 288.8 p, max. 608.0 p&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
średnica: min. 95.8 p, max. 188.4 p&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;b).&amp;lt;/b&amp;gt; powierzchnia: zdjęcia - 334750 p, jądra - 64885 p czyli procent będzie wynosił &amp;lt;math&amp;gt;64885 \cdot 100\% / 334750 = 19.4\%&amp;lt;/math&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
ROI (Region Of Interest) manager pomaga w pracy z selekcjami. Dzięki niemu można zatrzymać nieograniczoną liczbę selekcji, wyświetlania, modyfikowania i pomiaru. Polecenia mogą dotyczyć albo wybranych ROI, albo wszystkich, jeśli nie było żadnego zaznaczenia.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;Zadanie 14.&amp;lt;/b&amp;gt;&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;a).&amp;lt;/b&amp;gt; Użyj &amp;lt;i&amp;gt;wand-tool&amp;lt;/i&amp;gt;, żeby wybrać jądra, następnie naciśnij klawisz t (skrót dodawania ROI od &amp;lt;i&amp;gt;Analyze&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Tools&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;ROI Manager&amp;lt;/i&amp;gt;). Wybierz opcję &amp;lt;i&amp;gt;Show All&amp;lt;/i&amp;gt; w managerze ROI. Wybierz pozostałe jądra i dodaj je do managera.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;b).&amp;lt;/b&amp;gt; Kliknij na jedną z pozycji w managerze ROI (np. 5). Zauważ, że odpowiednie jądro na zdjęciu zostanie podświetlone. To działa również w drugą stronę. Modyfikuj selekcję (usuń część jąder używając klawisza &amp;lt;i&amp;gt;alt&amp;lt;/i&amp;gt;). Uaktualnij zmiany.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;c).&amp;lt;/b&amp;gt; Wybierz jedną lub kilka linii w managerze ROI (możesz użyć &amp;lt;i&amp;gt;ctrl/shift&amp;lt;/i&amp;gt;) i naciśnij przycisk służący do pomiarów.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;d).&amp;lt;/b&amp;gt; Do czego służy opcja &amp;lt;i&amp;gt;Flatten&amp;lt;/i&amp;gt;? Wskazówka – Rzuć okiem na zdjęcia, które powstało w wyniku zastosowania tej opcji.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;e).&amp;lt;/b&amp;gt; Ustaw niskie tło (niebieski kolor). Stwórz selekcję na podstawie wartości tła używając &amp;lt;i&amp;gt;Edit&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Selection&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Create Selection&amp;lt;/i&amp;gt;. Użyj polecenia &amp;lt;i&amp;gt;split&amp;lt;/i&amp;gt;. Co się dzieje?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;f).&amp;lt;/b&amp;gt; Bez zmiany selekcji otwórz zdjęcie &amp;lt;b&amp;gt;A4 Rhod 1.tif&amp;lt;/b&amp;gt; z katalogu &amp;lt;b&amp;gt;narzedzia_1&amp;lt;/b&amp;gt;. Żeby zobaczyć wybrane jądra użyj opcji &amp;lt;i&amp;gt;Show All&amp;lt;/i&amp;gt; z managera ROI. Dokonaj pomiaru. Jak wytłumaczysz to, co się stało?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;Rozwiązanie:&amp;lt;/b&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;d).&amp;lt;/b&amp;gt; Opcja tworzy obwiednię będącą granicą poszczególnych jąder i zapisuje zdjęcie jako RGB.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;e).&amp;lt;/b&amp;gt; &amp;lt;i&amp;gt;Create Selection&amp;lt;/i&amp;gt; tworzy pojedynczą selekcję złożoną ze wszystkich jąder. Opcja &amp;lt;i&amp;gt;Split&amp;lt;/i&amp;gt; dzieli selekcje na poszczególne jądra i dodaje je do managera ROI.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;f).&amp;lt;/b&amp;gt; Wybrana selekcja dla zdjęcia &amp;lt;b&amp;gt;dapi.tif&amp;lt;/b&amp;gt; została użyta do nowo wczytanego zdjęcia.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Analizator cząstek====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Dotychczas wszystkie selekcje były tworzone pojedynczo. Analizator cząstek pozwala automatycznie stworzyć selekcję dla każdego obiektu (cząstki), np. obszarowi pikseli powyżej minimalnej wartości tła i poniżej jego wartości maksymalnej.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;Zadanie 15.&amp;lt;/b&amp;gt;&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;a).&amp;lt;/b&amp;gt; Użyj narzędzia do wyrównywania tła (&amp;lt;i&amp;gt;Image&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Adjust&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Threshold&amp;lt;/i&amp;gt; lub &amp;lt;i&amp;gt;shift+t&amp;lt;/i&amp;gt;) oraz analizatora cząstek, żeby dodać jądro do managera ROI (usuń wszystkie opcje oprócz &amp;lt;i&amp;gt;Add to Manager&amp;lt;/i&amp;gt;).&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;b).&amp;lt;/b&amp;gt; Usuń wszystko z managera ROI i użyj analizatora cząstek ponownie. Tym razem wybierz opcję &amp;lt;i&amp;gt;Exclude on edges&amp;lt;/i&amp;gt;. W jakim celu można tę opcję stosować i kiedy może być używana?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;c).&amp;lt;/b&amp;gt; Użyj ponownie analizatora cząstek. Tym razem spróbuj wykluczyć obiekty, które są zbyt małe, żeby być jądrami. Jest to możliwe dzięki ustawieniu minimalnego rozmiaru w oknie analizatora cząstek.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;d).&amp;lt;/b&amp;gt; Użyj analizatora cząstek, żeby wybrać tylko te jądra, które są okrągłe. Jaka jest wartość, która usuwa dwa jądra najbardziej odbiegające od kolistego kształtu?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;e).&amp;lt;/b&amp;gt; Otwórz plik &amp;lt;b&amp;gt;inclusion.tif&amp;lt;/b&amp;gt;. Wyobraź sobie, że wewnętrzny i zewnętrzny prostokąt przedstawia cząstki. Użyj analizatora cząstek z włączona i wyłączoną opcją &amp;lt;i&amp;gt;Include holes&amp;lt;/i&amp;gt;. Jaką widzisz różnicę?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;f).&amp;lt;/b&amp;gt; Użyj analizatora cząstek do znalezienia liczby jasnych plamek na zdjęciu &amp;lt;b&amp;gt;blobs.gif&amp;lt;/b&amp;gt; z katalogu &amp;lt;b&amp;gt;narzedzia_1&amp;lt;/b&amp;gt;. Jaka jest średnia powierzchnia plamek?&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;Rozwiązanie:&amp;lt;/b&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;b).&amp;lt;/b&amp;gt; Obiekty, które nie są całkowicie na zdjęciu, nie mają właściwego rozmiaru, co sprawi, że zafałszują pomiar wartości średniej i całkowitej opartej na rozmiarze (powierzchnia, średnica, obwód, itp.). Opcja &amp;lt;i&amp;gt;Exclude on edges&amp;lt;/i&amp;gt; pozwala zignorować te obiekty.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;d).&amp;lt;/b&amp;gt; 0.8&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;e).&amp;lt;/b&amp;gt; Jeśli włączona jest opcja &amp;lt;i&amp;gt;Include holes&amp;lt;/i&amp;gt;, tylko jedna cząstka jest znaleziona i zawiera ona wewnętrzną cząstkę. Bez tej opcji wewnętrzna i zewnętrzna cząstka jest traktowana osobno.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;f).&amp;lt;/b&amp;gt; 46 plamek o różnych rozmiarach i kształtach; średnia powierzchnia to 414.5 piksela&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
====Strzałki, komentarze i warstwy====&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
Bardzo przydatną funkcją jest dodawanie komentarzy bez niszczenia zdjęcia. W tym celu używa się &amp;lt;b&amp;gt;warstw&amp;lt;/b&amp;gt;. Strzałki i nie tylko mogą być dodawane z użyciem klawisza b lub &amp;lt;i&amp;gt;Image&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Overlay&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Add Selection&amp;lt;/i&amp;gt;.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;Zadanie 16.&amp;lt;/b&amp;gt;&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;a).&amp;lt;/b&amp;gt; Użyj strzałki (prawym przyciskiem myszy na funkcji linia w głównym pasku ImageJ), żeby zaznaczyć na zdjęciu wszystkie jądra. Przed narysowaniem strzałek zmień ich kolor na magenta.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;b).&amp;lt;/b&amp;gt; Użyj narzędzia do pisania, żeby dodać notatkę do każdej strzałki (jądro nr 1, jądro nr 2). Użyj kombinacji klawiszy &amp;lt;i&amp;gt;ctrl+alt+b&amp;lt;/i&amp;gt;, żeby dodać tekst do warstwy.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;c).&amp;lt;/b&amp;gt; Zmień strzałki. Wskazówka: &amp;lt;i&amp;gt;Image&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Overlay&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;To ROI Manager&amp;lt;/i&amp;gt;. Nie zapomnij uaktualnić managera po dokonanych zmianach.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;d).&amp;lt;/b&amp;gt; Zmień napisany wcześniej tekst. Wskazówka: Nie możesz samodzielnie edytować tekstu. Wybierz test w managerze ROI, napisz coś nowego i naciśnij przycisk uaktualnienia zmian.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;e).&amp;lt;/b&amp;gt; Dodaj trzeci komentarz. Wskazówka: konwertuj selekcje z powrotem do warstw, dodaj nowy komentarz do warstwy.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&amp;lt;b&amp;gt;f).&amp;lt;/b&amp;gt; Użyj &amp;lt;i&amp;gt;Image&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Overlay&amp;lt;math&amp;gt;&amp;gt;&amp;lt;/math&amp;gt;Flatten&amp;lt;/i&amp;gt;, żeby stworzyć zdjęcie ze wszystkimi komentarzami (np. do swojej prezentacji). W tak zapisanym zdjęciu komentarze nie są warstwami, są dodane przez zmianę wartości pikseli.&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
&lt;br /&gt;
[http://brain.fuw.edu.pl/edu/index.php/Metody_diagnostyczne/kontrola_jakosci Kontrola jakości]&lt;/div&gt;</summary>
		<author><name>Jginter</name></author>
		
	</entry>
</feed>