Laboratorium EEG/Konwerter plików Svarog–Matlab - Historia wersji

Jarekz: /* Konwerter plików Svarog-Matlab */

2018-03-13T07:51:14Z

Konwerter plików Svarog-Matlab

SuperAdmin: /* Konwerter plików Svarog-Matlab */

2016-03-03T15:55:13Z

Konwerter plików Svarog-Matlab

Maciek: /* Konwerter plików Svarog-Matlab */

2016-02-29T12:54:54Z

Konwerter plików Svarog-Matlab

Maciek: /* Konwerter plików Svarog-Matlab */

2016-02-29T12:51:02Z

Konwerter plików Svarog-Matlab

Maciek: /* Konwerter plików Svarog-Matlab */

2016-02-29T12:46:27Z

Konwerter plików Svarog-Matlab

Maciek: /* Konwerter plików Svarog-Matlab */

2016-02-29T12:39:04Z

Konwerter plików Svarog-Matlab

Maciek: /* Konwerter plików Svarog-Matlab */

2016-02-29T12:35:54Z

Konwerter plików Svarog-Matlab

Maciek: /* Konwerter plików Svarog-Matlab */

2016-02-29T12:19:24Z

Konwerter plików Svarog-Matlab

Maciek: /* Konwerter plików Svarog-Matlab */

2016-02-29T12:16:23Z

Konwerter plików Svarog-Matlab

Maciek: /* Konwerter plików Svarog-Matlab */

2016-02-29T12:15:48Z

Konwerter plików Svarog-Matlab

@@ Linia 46: / Linia 46: @@
 Ostatnim etapem przygotowywania danych będzie zastosowanie odpowiedniego montażu — oczywiście jako procedury w Matlabie.
-Plik zawierający przykłądowe dane do wczytania: [[Plik:Sygnal_p300_kalib.tar.gz]]. proszę go pobrać i wypakować do osobnego katalogu. Po wypakowaniu powinny się tam pojawić 3 pliki:
+Plik zawierający przykładowe dane do wczytania: [[Plik:Sygnal_p300_kalib.tar.gz]]. proszę go pobrać i wypakować do osobnego katalogu. Po wypakowaniu powinny się tam pojawić 3 pliki:
 * sygnał binarny: p_6301423_calibration_p300.obci.raw
 * opis xml: p_6301423_calibration_p300.obci.xml

← poprzednia wersja		Wersja z 15:55, 3 mar 2016
Linia 45:		Linia 45:

	Ostatnim etapem przygotowywania danych będzie zastosowanie odpowiedniego montażu — oczywiście jako procedury w Matlabie.		Ostatnim etapem przygotowywania danych będzie zastosowanie odpowiedniego montażu — oczywiście jako procedury w Matlabie.
		+
		+	Plik zawierający przykłądowe dane do wczytania: [[Plik:Sygnal_p300_kalib.tar.gz]]. proszę go pobrać i wypakować do osobnego katalogu. Po wypakowaniu powinny się tam pojawić 3 pliki:
		+	* sygnał binarny: p_6301423_calibration_p300.obci.raw
		+	* opis xml: p_6301423_calibration_p300.obci.xml
		+	* plik ze znacznikami: p_6301423_calibration_p300.obci.tag - tym plikiem na dzisiejszych zajęciach nie będziemy się zajmować
		+
		+	Proszę wczytać ten sygnał do SVAROGA żeby przekonać się jak te dane wyglądają, a następnie napisać funkcję wczytującą te dane do Matlaba.
		+
		+

	[[Laboratorium_EEG]]/Konwerter		[[Laboratorium_EEG]]/Konwerter

@@ Linia 18: / Linia 18: @@
 Jeśli udało nam się wczytać plik XML i mamy go w postaci wektora znaków w Matlabie, następnym krokiem będzie wyszukanie w tym tekście potrzebnych nam informacji. Czego będziemy szukać w naszym pliku XML? Jak łatwo zauważyć potrzebne nam informacje „opakowane” są specjalnymi znacznikami. Na przykład nazwa „właściwego” pliku danych zawarta jest pomiędzy znacznikiem <tt><rs:exportFileName></tt> a znacznikiem <tt></rs:exportFileName></tt>. Wystarczy więc znaleźć początek i koniec każdego znacznika, a następnie „pobrać” informację spomiędzy tych pozycji.
-Do przeszukiwania tekstów mamy dostępnych kilka różnych funkcji. Funkcje <tt>findstr</tt> i <tt>strfind</tt> mają w naszym przypadku mniejsze zastosowanie, gdyż operują na tekstach jednowierszowych (bez znaków nowego wiersza), a nasz tekst jest wielo wierszowy. Na szczęście jest do dyspozycji funkcja <tt>regexp</tt>, która poszukuje wyrażeń znakowych w wektorach znaków. Na dodatek zwraca indeksy początków i końców każdego znalezionego fragmentu!
+Do przeszukiwania tekstów mamy dostępnych kilka różnych funkcji. Funkcje <tt>findstr</tt> i <tt>strfind</tt> mają w naszym przypadku mniejsze zastosowanie, gdyż operują na tekstach jednowierszowych (bez znaków nowego wiersza), a nasz tekst jest wielowierszowy. Na szczęście jest do dyspozycji funkcja <tt>regexp</tt>, która poszukuje wyrażeń znakowych w wektorach znaków. Na dodatek zwraca indeksy początków i końców każdego znalezionego fragmentu!
 Wskazówki:
@@ Linia 42: / Linia 42: @@
 Kolejne kratki oznaczają tu kolejne liczby w pliku. Format taki nazywamy przeplatanym lub multipleksowanym.
-Jeśli plik nie jest bardzo duży możemy go w całości wczytać do Matlaba. Operacja jest w zasadzie analogiczna do wczytania pliku XML, z taką różnicą, że teraz format wczytywanych danych jest <tt>double</tt> (lub inny, w zależności od informacji z pliku XML). Po udanym wczytaniu danych, w pamięci mamy zmienną zawierającą dane z pliku o postaci wektora jak na przedstawionym powyżej rysunku. Należy go przekształcić do postaci macierzy o właściwych rozmiarach komendą <tt>reshape(dane,(liczba_kanalow, liczba_probek))</tt> albo <tt>dane.reshape((liczba_kanalow,liczba_probek))</tt>.
+Jeśli plik nie jest bardzo duży możemy go w całości wczytać do Matlaba. Operacja jest w zasadzie analogiczna do wczytania pliku XML, z taką różnicą, że teraz format wczytywanych danych jest <tt>double</tt> (lub inny, w zależności od informacji z pliku XML), czyli dane są binarne (nie da się ich przeczytać w edytorze tekstu). Po udanym wczytaniu danych, w pamięci mamy zmienną zawierającą dane z pliku o postaci jednowymiarowego wektora jak na przedstawionym powyżej rysunku. Należy go przekształcić do postaci macierzy o właściwych rozmiarach komendą <tt>reshape(dane,(liczba_kanalow, liczba_probek))</tt> albo <tt>dane.reshape((liczba_kanalow, liczba_probek))</tt>.
 Ostatnim etapem przygotowywania danych będzie zastosowanie odpowiedniego montażu — oczywiście jako procedury w Matlabie.
 [[Laboratorium_EEG]]/Konwerter

@@ Linia 2: / Linia 2: @@
 =Konwerter plików Svarog-Matlab=
-Do zbierania danych podczas eksperymentów używamy na pracowniach programu Svarog. Zapisuje on pliki z danymi w postaci binarnej, natomiast cala informacja o strukturze takiego pliku danych (tzw. metadane) przechowywana jest w osobnym pliku typu XML. Aby móc analizować nasze pliki danych w Matlabie musimy umieć wczytać i odpowiednio interpretować posiadane pliki danych, niestety nie mamy już gotowej funkcji dla plików zapisywanych przez Svaroga, a także dostępne funkcje do obróbki zbiorów typu XML nie nadają się do tego celu.
+Do zbierania danych podczas eksperymentów używamy na pracowniach programu Svarog. Zapisuje on pliki z danymi w postaci binarnej, natomiast cała informacja o strukturze takiego pliku danych (tzw. metadane) przechowywana jest w osobnym pliku typu XML. Aby móc analizować nasze pliki danych w Matlabie musimy umieć wczytać i odpowiednio interpretować informacje w nich zawarte. Niestety nie mamy gotowej funkcji dla wczytywania plików zapisywanych przez Svaroga, a także dostępne domyślnie funkcje do obróbki zbiorów typu XML nie nadają się do tego celu.
-Jak łatwo się domyśleć, pierwszym krokiem musi być „wyciągnięcie” z pliku XML podstawowych informacji o zapisanych danych. Jest to plik tekstowy, który możemy otworzyć w edytorze tekstu (na przykład matlabowym), ale ta metoda nie jest szczególnie użyteczna. Wczytajmy więc ten plik do Matlaba i postarajmy się automatycznie znaleźć wszystkie potrzebne informacje. Będą to:
+Jak łatwo się domyśleć, pierwszym krokiem musi być „wyciągnięcie” z pliku XML podstawowych informacji o zapisanych danych. Plik XML ma format tekstowy, możemy więc go otworzyć w edytorze tekstu (na przykład matlabowym), ale ta metoda nie jest szczególnie użyteczna, jako bardzo pracochłonna. Wczytajmy więc ten plik do Matlaba i postarajmy się automatycznie znaleźć wszystkie potrzebne informacje. Będą to:
 * nazwa pliku z danymi;
 * liczba zapisanych kanałów;
@@ Linia 18: / Linia 18: @@
 Jeśli udało nam się wczytać plik XML i mamy go w postaci wektora znaków w Matlabie, następnym krokiem będzie wyszukanie w tym tekście potrzebnych nam informacji. Czego będziemy szukać w naszym pliku XML? Jak łatwo zauważyć potrzebne nam informacje „opakowane” są specjalnymi znacznikami. Na przykład nazwa „właściwego” pliku danych zawarta jest pomiędzy znacznikiem <tt><rs:exportFileName></tt> a znacznikiem <tt></rs:exportFileName></tt>. Wystarczy więc znaleźć początek i koniec każdego znacznika, a następnie „pobrać” informację spomiędzy tych pozycji.
-Do przeszukiwania tekstów mamy dostępnych kilka różnych funkcji. Funkcje <tt>findstr</tt> i <tt>strfind</tt> mają w naszym przypadku mniejsze zastosowanie, gdyż operują na tekstach jednowierszowych (bez znaków nowego wiersza), a nasz tekst jest wielo wierszo wy. Na szczęście jest do dyspozycji funkcja <tt>regexp</tt>, która poszukuje wyrażeń znakowych w wektorach znaków. Na dodatek zwraca indeksy początków i końców każdego znalezionego fragmentu!
+Do przeszukiwania tekstów mamy dostępnych kilka różnych funkcji. Funkcje <tt>findstr</tt> i <tt>strfind</tt> mają w naszym przypadku mniejsze zastosowanie, gdyż operują na tekstach jednowierszowych (bez znaków nowego wiersza), a nasz tekst jest wielo wierszowy. Na szczęście jest do dyspozycji funkcja <tt>regexp</tt>, która poszukuje wyrażeń znakowych w wektorach znaków. Na dodatek zwraca indeksy początków i końców każdego znalezionego fragmentu!
 Wskazówki:

@@ Linia 27: / Linia 27: @@
 {| border="1"
 | style="width:35px; text-align:center;" | ''x''<sub>1</sub>(''t''<sub>1</sub>)
 | style="width:35px; text-align:center;" | ''x''<sub>2</sub>(''t''<sub>1</sub>)

@@ Linia 27: / Linia 27: @@
 {| border="1"
-|- style="width:35px; text-align:center;"
+|- style=text-align:center;"
-| ''x''<sub>1</sub>(''t''<sub>1</sub>)
+| style="width:35px; text-align:center;" | ''x''<sub>1</sub>(''t''<sub>1</sub>)
-| ''x''<sub>2</sub>(''t''<sub>1</sub>)
+| style="width:35px; text-align:center;" | ''x''<sub>2</sub>(''t''<sub>1</sub>)
-| ...
+| style="width:35px; text-align:center;" | ...
-| ''x''<sub>''k''</sub>(''t''<sub>1</sub>)
+| style="width:35px; text-align:center;" | ''x''<sub>''k''</sub>(''t''<sub>1</sub>)
-| ''x''<sub>1</sub>(''t''<sub>2</sub>)
+| style="width:35px; text-align:center;" | ''x''<sub>1</sub>(''t''<sub>2</sub>)
-| ''x''<sub>2</sub>(''t''<sub>2</sub>)
+| style="width:35px; text-align:center;" | ''x''<sub>2</sub>(''t''<sub>2</sub>)
-| ...
+| style="width:35px; text-align:center;" | ...
-| ''x''<sub>''k''</sub>(''t''<sub>2</sub>)
+| style="width:35px; text-align:center;" | ''x''<sub>''k''</sub>(''t''<sub>2</sub>)
-| ...
+| style="width:35px; text-align:center;" | ...
-| ...
+| style="width:35px; text-align:center;" | ...
-| ''x''<sub>''k''</sub>(''t''<sub>''N''</sub>)
+| style="width:35px; text-align:center;" | ''x''<sub>''k''</sub>(''t''<sub>''N''</sub>)
 |}

@@ Linia 24: / Linia 24: @@
 * Aby z tekstu (zawierającego cyfry) zrobić liczbę stosujemy funkcję <tt>str2double</tt>.
-Jeśli już wszystko wiemy na temat naszych danych, możemy je odczytać. Dane są zapisane w formacie binarnym, a jego struktura jest następująca (przy założeniu k kanałów i długości danych A próbek):
+Jeśli już wszystko wiemy na temat naszych danych, możemy je odczytać. Dane są zapisane w formacie binarnym, a jego struktura jest następująca (przy założeniu ''k'' kanałów i długości danych ''N'' próbek):
 Kolejne kratki oznaczają tu kolejne liczby w pliku. Format taki nazywamy przeplatanym lub multipleksowanym.
-Jeśli plik nie jest bardzo duży możemy go w całości wczytać do Matlaba. Operacja jest w zasadzie analogiczna do wczytania pliku XML, z taką różnicą, że teraz typ wczytywanych danych jest double (lub inny, w zależności od informacji z pliku XML). Po udanym wczytaniu danych, w pamięci mamy zmienną zawierającą dane z pliku o postaci wektora jak na przedstawionym powyżej rysunku. Należy go przekształcić do postaci macierzy o właściwych rozmiarach	komendą	reshape	(dane, (liczba_kanalow, liczba_probek) )	albo
-dane.reshape((liczba_kanalow,liczba_probek)).
+Jeśli plik nie jest bardzo duży możemy go w całości wczytać do Matlaba. Operacja jest w zasadzie analogiczna do wczytania pliku XML, z taką różnicą, że teraz format wczytywanych danych jest <tt>double</tt> (lub inny, w zależności od informacji z pliku XML). Po udanym wczytaniu danych, w pamięci mamy zmienną zawierającą dane z pliku o postaci wektora jak na przedstawionym powyżej rysunku. Należy go przekształcić do postaci macierzy o właściwych rozmiarach komendą <tt>reshape(dane,(liczba_kanalow, liczba_probek))</tt> albo <tt>dane.reshape((liczba_kanalow,liczba_probek))</tt>.
 Ostatnim etapem przygotowywania danych będzie zastosowanie odpowiedniego montażu — oczywiście jako procedury w Matlabie.
 [[Laboratorium_EEG]]/Konwerter

@@ Linia 8: / Linia 8: @@
 * liczba zapisanych kanałów;
 * częstość próbkowania danych;
 * liczba zapisanych próbek;
 * nazwy kanałów;

@@ Linia 15: / Linia 15: @@
 Jak wczytać plik tekstowy do Maltaba? Wskazówką niech będzie przykład ze zliczaniem liter w poprzednim rozdziale. Różnica jest tylko taka, że tam traktowaliśmy litery tekstu jako liczby, a teraz potrzebujemy znaków tekstowych. Musimy zastosować inny typ wczytywanych danych: <tt>*char</tt>.
-Jeśli udało nam się wczytać plik XML i mamy go w postaci wektora znaków w Matlabie, następnym krokiem będzie wyszukanie w tym tekście potrzebnych nam informacji. Czego będziemy szukać w naszym pliku XML? Jak łatwo zauważyć potrzebne nam informacje „opakowane” są specjalnymi znacznikami. Na przykład nazwa „właściwego” pliku danych zawarta jest pomiędzy znacznikiem <rs: exportFileName> a znacznikiem </rs : exportFileName>. Wystarczy więc znaleźć początek i koniec każdego znacznika, a następnie „pobrać” informację spomiędzy tych pozycji.
+Jeśli udało nam się wczytać plik XML i mamy go w postaci wektora znaków w Matlabie, następnym krokiem będzie wyszukanie w tym tekście potrzebnych nam informacji. Czego będziemy szukać w naszym pliku XML? Jak łatwo zauważyć potrzebne nam informacje „opakowane” są specjalnymi znacznikami. Na przykład nazwa „właściwego” pliku danych zawarta jest pomiędzy znacznikiem <tt><rs:exportFileName></tt> a znacznikiem <tt></rs:exportFileName></tt>. Wystarczy więc znaleźć początek i koniec każdego znacznika, a następnie „pobrać” informację spomiędzy tych pozycji.
 Do przeszukiwania tekstów mamy dostępnych kilka różnych funkcji. Funkcje findstr i strfind mają w naszym przypadku mniejsze zastosowanie, gdyż operują na tekstach jednowierszowych (bez znaków nowego wiersza), a nasz tekst jest wielo wierszo wy. Na szczęście jest funkcja regexp, która poszukuje wyrażeń znakowych w wektorach znaków. Na dodatek zwraca indeksy początków i końców każdego znalezionego fragmentu!
 Wskazówki:
-•	Transpozycję macierzy uzyskujemy dopisując apostrof ' na końcu transponowanego wyrażenia.
+* Transpozycję macierzy uzyskujemy dopisując apostrof <tt>'</tt> na końcu transponowanego wyrażenia.
-•	Aby z tekstu (zawierającego cyfry) zrobić liczbę stosujemy funkcję strżdouble.
+* Aby z tekstu (zawierającego cyfry) zrobić liczbę stosujemy funkcję <tt>str2double</tt>.
 Jeśli już wszystko wiemy na temat naszych danych, możemy je odczytać. Dane są zapisane w formacie binarnym, a jego struktura jest następująca (przy założeniu k kanałów i długości danych A próbek):