Laboratorium EEG/CSP

Laboratorium_EEG/BSS

Plan zajęć

Materiał realizowany jest w ciągu 3 tygodni (6 spotkań po ~2,5 h).

Sesja	Temat	Kluczowe sekcje na tej stronie
1	Wykład BSS + CSP; ćwiczenie symulacyjne	Ślepa separacja źródeł, Common Spatial Pattern, Ćwiczenie symulacyjne
2	Dane P300: wczytanie, cięcie epok, wizualizacja ERP, implementacja CSP	Analiza wstępna, Analiza CSP
3	Mapki topograficzne; separacja cech	Analiza CSP (cd.), Wybór i separacja cech
4	cosSinCSP jako uogólnienie CSP; dane SSVEP	Filtry przestrzenne dla SSVEP
5	Wykład ICA; komponenty alfa	ICA jako filtr przestrzenny, Komponenty alfa
6	Artefakty (ICLabel/MARA); synteza CSP/cosSinCSP/ICA	Identyfikacja artefaktów

Sesja 1: Ślepa separacja źródeł i CSP — wprowadzenie

Czas

~60 min wykład + ~90 min ćwiczenie symulacyjne

Zajęcia wprowadzają do problemu filtracji przestrzennej sygnałów EEG. Punktem wyjścia jest ogólny problem ślepej separacji źródeł (BSS), z którego CSP wyłania się jako szczególny przypadek dla dwóch warunków eksperymentalnych. Filtry przestrzenne omawiane na tych zajęciach stanowią fundament klasycznych metod BCI (P300, SSVEP, motor imagery) oraz są bezpośrednim odpowiednikiem warstw przestrzennych w sieciach neuronowych takich jak ShallowConvNet i EEGNet — do tej analogii wrócimy w sesji 6.

Slajdy do wykładu (PDF)

Zakres wykładu

• model generatywny EEG: [math]x(t) = As(t)[/math], macierz kowariancji, idea diagonalizacji
• BSS jako ogólny problem separacji źródeł
• CSP jako szczególny przypadek: dwa warunki eksperymentalne, iloraz Rayleigha, uogólnione zagadnienie własne
• interpretacja filtrów i topografii źródeł

Ćwiczenie symulacyjne

Zob. Ćwiczenie symulacyjne w sekcji CSP poniżej.

Ćwiczenie symulacyjne

kod przykładowy 

% symulowany eksperyment składa się z sinusoidy udającej alfę spoczynkową i
% funkcji Gaussa udającego potencjał wywołany
% źródła te są symulowane niezależnie a potem mieszane przez macierz A
% symulujemy źródła
% s1 - symuluje alfę
% s2 - symuluje "potencjał wywołany" (ERP)

%ustawiamy parametry do symulacji sygnałów
Fs = 100;
T = 1;
t = 0:1/Fs:T-1/Fs;
N_rep = 100;
N_chan = 2;
s = zeros(N_rep,N_chan, length(t));
X = zeros(N_rep,N_chan, length(t));

% filtr przestrzenny - z takimi wagami trzeba wziąść kanały EEG aby odzyskać sygnały źródłowe
P = [1 2
    1.5 1.3]; 


% topografie - z takimi wagami źródła dokładają się do poszczególnych elektrod
A = P^(-1); 


for r =1:N_rep % tworzymy kolejne realizacje "eksperymentu"
    s1 = sin(2*pi*11*t +pi/2+ 0*2*pi*rand())+ 0.02*randn(size(t));  % źródło alfa
    s2 = exp(-((t-0.8)/0.05).^2)+ 0.01*randn(size(t));              % źródło ERP
       
    s(r,1,:) = s1;
    s(r,2,:) = s2;
    tmp = squeeze(s(r,:,:));
    n = 0*randn(size(tmp));
    X(r,:,:) = A*tmp +n; % rzutujemy sygnały źródłowe na elektrody s -> x
    
end

% wycinamy warunki 
% baseline_ind   to indeksy pierwszej połowy każdego powtórzenia "baseline"
% ERP_ind        to indeksy drugiej połowy każdego powtórzenia zawierająca "ERP"
baseline_ind = find(t<0.5);
ERP_ind = find(t>=0.5);

x_baseline_kan_1 = X(:,1,baseline_ind);
x_baseline_kan_2 = X(:,2,baseline_ind);

x_ERP_kan_1 = X(:,1,ERP_ind);
x_ERP_kan_2 = X(:,2,ERP_ind);



% liczymy średnie macierze kowariancji:
R_E = zeros(N_chan,N_chan);
R_B = zeros(N_chan,N_chan);
for r =1:N_rep
    B = squeeze(X(r,:,baseline_ind)); 
    tmp =cov(B');
    R_B = R_B + tmp./trace(tmp);%B*B' ;
 
    E = squeeze(X(r,:,ERP_ind));
    tmp = cov(E');
    R_E = R_E + tmp./trace(tmp);%E*E' ;
end

R_B = R_B/N_rep;
R_E = R_E/N_rep;

% rozwiązujemy uogólnione zagadnienie własne
[W,Lambda]=eig(R_E,R_B); % możliwa jest też optymalizacja wzg. średniej macierzy kowariancji (R_B+R_A)/2);

% odzyskujemy sygnały źródeł
for r =1:N_rep
    S(r,:,:) = W'*squeeze(X(r,:,:));
end

% pobieramy wycinki odpowiadające obu częściom eksperymentu z estymowanych
% źródeł
s_baseline_estymowany_kan1 = squeeze(  S(:,1,baseline_ind));
s_baseline_estymowany_kan2 = squeeze(  S(:,2,baseline_ind));

s_ERP_estymowany_kan1 = squeeze(S(:,1,ERP_ind));
s_ERP_estymowany_kan2 = squeeze(S(:,2,ERP_ind));

%%%%%%%%%%%%%% Ilustracje %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% ilustracja sygnałów mierzonych
figure(1);clf
subplot(2,2,1);
    plot(t(baseline_ind),(squeeze(X(:,1,baseline_ind)))','b'); hold on
    plot(t(ERP_ind),(squeeze(  X(:,1,ERP_ind)))','r'); hold off
    xlabel('elektroda 1')
    title('ilustracja sytuacji pomiarowej -\newline znane są potencjały na elektrodach w dwóch warunkach eksperymentalnych')
subplot(2,2,3);
    plot(t(baseline_ind),(squeeze(X(:,2,baseline_ind)))','b'); hold on
    plot(t(ERP_ind),(squeeze(  X(:,2,ERP_ind)))','r'); hold off
    xlabel('elektroda 2')
subplot(1,2,2)
    plot(x_baseline_kan_1(:),x_baseline_kan_2(:),'b.');
    hold on
    plot(x_ERP_kan_1(:),x_ERP_kan_2(:),'r.');
    xlim([-2,2])
    ylim([-2,2])
    axis equal
    
    % wektor własny odpowiadający największej wartości własnej jest
    % kierunkiem najbardziej różnicującym warunki eksperymentalne
    disp('wartości własne znajdują się na przekątnej macierzy Lambda')
    disp(Lambda)
    % rysujemy wersory jednostkowe w kierunkach wektorów własnych
    w1 = W(:,1); 
    w1 = w1/norm(w1);
    w2 = W(:,2); 
    w2 = w2/norm(w2);
    line([0, w1(1) ],[0,w1(2)],'Color',[0,0.3,0])
    text(w1(1),w1(2),'wektor własny 1')
    line([0, w2(1) ],[0,w2(2)],'Color',[1,0,1])
    text(w2(1),w2(2),'wektor własny 2')
    
    
    xlabel('Amplituda na elektrodzie 1')
    ylabel('Amplituda na elektrodzie 2')   
    legend('baseline','ERP')

% Ilustracja estymowanych źródeł
figure(2);clf
subplot(2,2,1);
    plot(t(baseline_ind),(squeeze(S(:,1,baseline_ind)))','b');hold on
    plot(t(ERP_ind),(squeeze(S(:,1,ERP_ind)))','r');hold off
    xlabel('estymowane zrodlo  1')
    title('ilustracja estymacji -\newline estymowane są potencjały źródeł w dwóch warunkach eksperymentalnych')    
subplot(2,2,3);
    plot(t(baseline_ind),(squeeze(S(:,2,baseline_ind)))','b');hold on
    plot(t(ERP_ind),(squeeze(S(:,2,ERP_ind)))','r');hold off
    xlabel('estymowane zrodlo  2');
subplot(1,2,2)
    plot(s_baseline_estymowany_kan1(:),s_baseline_estymowany_kan2(:),'b.');
    hold on
    plot(s_ERP_estymowany_kan1(:),s_ERP_estymowany_kan2(:),'r.');   
    
    xlabel('Amplituda estym. źródła 1')
    ylabel('Amplituda estym. źródła 2')   
    legend('baseline','ERP')

Sesja 2: CSP dla P300 — dane realne

Czas

~150 min (jedno spotkanie)

Pracujemy z danymi kalibracyjnymi z eksperymentu P300. Celem sesji jest przejście pełnego pipeline'u: od surowych danych do odtworzonych źródeł CSP.

Zakres

• wczytanie danych kalibracyjnych, identyfikacja znaczników T i NT
• cięcie epok (−200 do +800 ms), usuwanie trendu liniowego
• montaż względem połączonych uszu
• wizualizacja ERP w układzie topograficznym
• obliczenie macierzy kowariancji R_T i R_NT, normalizacja przez ślad
• rozwiązanie uogólnionego zagadnienia własnego: [W, Lambda] = eig(R_T, R_NT)
• odtworzenie sygnałów źródłowych: S = W'*EEG
• przegląd estymowanych źródeł w dwóch warunkach

Materiały

Zob. Analiza wstępna i Analiza CSP poniżej.

Analiza wstępna

Poszczególne etapy analizy proszę kodować w osobnych funkcjach. Funkcje te powinny być wywoływane z nadrzędnego skryptu, który powinien umożliwić wykonanie całości analiz.

• Wczytać dane kalibracyjne do Matlaba i pociąć je na realizacje typu T — „target” (związane z wystąpieniami litery „B”) i NT — „non-target” (pozostałe litery) o długości −200 do +800 ms wokół triggerów. Dla każdej realizacji odjąć trend liniowy.
• Sygnał zmontować wzgl. „połączonych uszu” i wyświetlić średnie przebiegi dla warunku T i NT w układzie topograficznym — można wykorzystać w tym celu poniższy fragment kodu.

fragment kodu do rysowania dwóch ERPów -- zamiast funkcji plottopo 

%% stworzenie osi
      % zakładam, że dane do rysowania są w dwóch strukturach EEG1 i EEG2 (struktury eeglab), 
      % te dane są podzielone na realizacje i mają kształt (kanały , czas, epoki)
      % i że mamy już załadowane położenia elektrod we współrzędnych
      % biegunowych 
      w = 0.125;
      h = 0.125;
      sc = 0.8;
      figure()
     for chanNum = 1:length(EEG1.chanlocs)
         r =EEG1.chanlocs(chanNum).radius;
         theta = EEG1.chanlocs(chanNum).theta;
         x = r* sin(theta/180*pi)*sc+0.46;
         y = r* cos(theta/180*pi)*sc+0.46;
         ax(chanNum) = axes('Position', [x, y, w, h]);
     end
%%uśredniam EEG po powtórzeniach aby otrzymać ERP
  ERP1 =squeeze( mean( EEG1.data,3)) ;
  ERP2 =squeeze( mean( EEG2.data,3)) ; 
%% rysowanie uśrednionych potencjałów z dwóch struktur EEG 
 for chanNum = 1:length(EEG1.chanlocs)
     hold(ax(chanNum),'on');
     plot(ax(chanNum), EEG1.times, ERP1(chanNum ,:));
     plot(ax(chanNum), EEG2.times, ERP2(chanNum ,:));
     title(ax(chanNum),EEG1.chanlocs(chanNum).labels );
     hold(ax(chanNum),'off');
 end

Poniżej zaprezentowany jest przykładowy skrypt do cięcia danych wokół znaczników. Działa on z plikami zawartymi w archiwum:

Plik:KalibracjaP300.tar.gz

Korzysta z funkcji pomocniczych dostępnych w dystrybucji obci w katalogu

/usr/share/openbci/analysis/matlab_obci_signal_processing

Openbci można pobrać z https://github.com/BrainTech/openbci

przykładowy skrypt 

% ustalamy nzawy plików z danymi
nazwaPliku = 'p_6301423_calibration_p300.obci';
nameOfXMLFile = strcat(nazwaPliku,'.xml');
nameOfTagFile = strcat(nazwaPliku,'.tag'); %tagi = znaczniki zdarzeń
namesOfDataFiles = strcat(nazwaPliku,'.raw');

% inicjujemy obiekt rm
rm = ReadManager(nameOfXMLFile,namesOfDataFiles,nameOfTagFile);

% obieramy przydatne parametry i znaczniki
numberOfChannels  = rm.get_param('number_of_channels');
namesOfChannels   = rm.get_param('channels_names');
samplingFrequency = rm.get_param('sampling_frequency');
tagsStruct        = rm.get_tags();

% tworzenie list znaczników Target i NonTarget
numberOfStruct = length(tagsStruct);
targetTimeStamps = [];
NonTargetTimeStamps = [];
for structNumber = 1:numberOfStruct % iterujemy się przez tagi
    if(strcmp(tagsStruct(structNumber).name,'blink')) % szukamy tagów o nazwie 'blink'
        index = tagsStruct(structNumber).children.index; % tu jest numer pola stymulacji
        target= tagsStruct(structNumber).children.target;% tu jest numer pola na którym wyświetlany jest target
        if index == target % warunek na to, że mamy do czynienia z tagiem target
            targetTimeStamps = [targetTimeStamps tagsStruct(structNumber).start_timestamp]; %dodajemy timeStamp do listy targetów
        else
            NonTargetTimeStamps = [NonTargetTimeStamps tagsStruct(structNumber).start_timestamp];%dodajemy timeStamp do listy non-targetów
        end
        
    end
end



% pobieramy próbki
samples = double(rm.get_samples()); % konwersja na double jest potrzebna żeby dobrze funkcjonowało filtrowanie
samples=samples(1:8,:); % odrzucamy kanały, które nie mają EEG
numberOfChannels =8;

% filtrujemy dolnoprzepustowo aby odrzucić artefakty sieci i część
% artefaktów mięśniowych
[b,a] = cheby2(6,80,25 /(samplingFrequency/2),'low');
for ch = 1:numberOfChannels
    samples(ch,:)=filtfilt(b,a,samples(ch,:));
end

% montujemy dane do wspólnej średniej (common average)
M = -ones(8,8)/8;
M=M+eye(8,8)*9/8;
samples = 0.0715*M*samples;

% wycinamy dane wokół znaczników
PRE = -0.2; % czas przed tagiem w sek.
POST = 0.8; % czas po tagu w sek.
wycinek = floor(PRE*samplingFrequency:POST*samplingFrequency); % tablica ze "standardowymi" indeksami do cięcia

% pobieramy targety
TargetSignal = zeros(length(targetTimeStamps),numberOfChannels, length(wycinek)); % tablica na sygnały target
for trialNumber = 1:length(targetTimeStamps)
    trigerOnset = floor(targetTimeStamps(trialNumber)*samplingFrequency);
    tenWycinek = wycinek + trigerOnset;
    if tenWycinek(1)>0 && tenWycinek(end)<=size(samples,2) % test czy wycinek który chcemy pobrać nie wystaje poza dostępny sygnał
        tmpSignal = samples(:,tenWycinek);
        tmpSignal = detrend(tmpSignal')'; % usuwanie liniowego trendu - przy krótkich wycinkach działa lepiej niż filtrowanie górnoprzepustowe
        TargetSignal(trialNumber, :,:) = tmpSignal;
    end
end

% pobieramy non-targety
NonTargetSignal = zeros(length(NonTargetTimeStamps),numberOfChannels, length(wycinek));% tablica na sygnały non-target
for trialNumber = 1:length(NonTargetTimeStamps)
    trigerOnset = floor(NonTargetTimeStamps(trialNumber)*samplingFrequency);
    tenWycinek = wycinek + trigerOnset;
    if tenWycinek(1)>0 && tenWycinek(end)<=size(samples,2)
        tmpSignal = samples(:,tenWycinek);
        tmpSignal = detrend(tmpSignal')';
        NonTargetSignal(trialNumber, :,:) = tmpSignal;
    end
end
%
% dla ilustracji podglądamy średnie po powtórzeniach ze wszystkich targetów
% i non-targetów
plot(squeeze(mean(TargetSignal,1))','r');
hold on
plot(squeeze(mean(NonTargetSignal,1))','b')

ZADANIE: Analiza CSP

Przegląd badań o P300: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2715154/

Link do Read menager [1]

• Wykonać analizę CSP wzmacniającą potencjał P300.
• Zaprezentować średnią ze wszystkich kanałów źródłowych z warunku target (jeden kolor) i non-target (inny kolor) w subplotach ułożonych w prostokątnej siatce. Zaobserwować, dla którego kanału średnie różnią się najbardziej. Czy jest związek tego kanału z wartościami własnymi?

• Dla kanału najbardziej różnicującego wykonać mapki topograficzne (do wykonania tych mapek wykorzystać funkcję topoplot z pakietu eeglab) wektorów odpowiadających:
  • filtrowi przestrzennemu
  • rzutu topograficznego źródła na elektrody.

Wybór i separacja cech 

Wybór i separacja cech

• Przedstaw na rysunkach nałożone na siebie pojedyncze realizacje z warunków target i non-target po rzutowaniu na wektor [math]w[/math] odpowiadający największej i kolejnej wartości własnej.
• Przedstaw wykresy punktowe takie, że na jednej osi jest moc sygnału (suma kwadratów wartości próbek w wybranym zakresie czasu) odpowiadającego największej wartości własnej, a na drugiej osi kolejnej (mniejszej) wartości własnej; jeden punkt reprezentuje jedno powtórzenie.
• Wykonaj serię wykresów jak w poprzednim punkcie dla uśrednień sygnałów kolejno po 2, 4, 6, 8 i 10 realizacjach:
  • Liczymy potencjał wywołany dla danej liczby powtórzeń.
  • Następnie podnosimy wartości próbek do kwadratu
  • i sumujemy je w wybranym zakresie czasu.
• Zaobserwuj jak zmienia się separacja w grupach target i non-target.

Filtry przestrzenne dla SSEP

Filtry przestrzenne dla SSEP 

Teoria

Ciekawa koncepcja filtra przestrzennego dla SSVEP zaprezentowana jest tu: http://www.eurasip.org/Proceedings/Eusipco/Eusipco2009/contents/papers/1569193209.pdf

Pokrótce można ją rozumieć podobnie do tego co robiliśmy rozważając filtry przestrzenne CSP z tym, że dla SSVEP oraz innych potencjałów wywołanych stanu ustalonego możemy skorzystać z dodatkowych informacji dotyczących poszukiwanych źródeł. Wiemy mianowicie, że powinny one oscylować z częstością bodźca, i być może jej harmonicznych.

Przyda nam się macierz [math]S[/math] zbudowana tak, że w kolejnych kolumnach znajdują się sinusy i cosinusy kolejnych częstości harmonicznych. Wektory te unormujemy, żeby miały energię równą 1. Innymi słowy macierz [math]S[/math] zbudowana jest z wersorów rozpinających przestrzeń, w której powinien znajdować się sygnał SSVEP.

W matlabie możemy taką macierz zbudować tak:

% Fs - częstość próbkowania
% numberOfSamples - długość sygnału w próbkach
% numberOfHarmonics - liczba harmonicznych, które chcemy włączyć do analizy
t = (0:1:numberOfSamples - 1)/Fs; 
S = zeros(numberOfSamples, 2*numberOfHarmonics);

for harmonicNumber = 1:numberOfHarmonics
    c = cos(2*pi*stimulationFrequency*harmonicNumber*t);
    s = sin(2*pi*stimulationFrequency*harmonicNumber*t);
    S(:,(harmonicNumber - 1)*2 + 1) = c/norm(c);
    S(:,(harmonicNumber - 1)*2 + 2) = s/norm(s);
end

Aby w badanym sygnale znaleźć składowe odpowiadające SSVEP musimy rzutować sygnał [math]X[/math] (macierz sygnałów kanały × próbki) na przestrzeń rozpiętą przez [math]S[/math]:

[math]A = X*S[/math]

Macierz [math]A[/math] zawiera współczynniki będące iloczynami skalarnymi sygnałów i wersorów. Mówią one o tym „jak dużo” jest sinusa bądź cosinusa o danej częstości w pierwotnym sygnale. Komponenty SSVEP zawarte w sygnale [math]X[/math] odzyskujemy tak:

[math]\mathrm{SSVEP} = A S^T[/math]

Modelujemy rejestrowany sygnał jako:

[math]X = \mathrm{SSVEP} + Y [/math]

gdzie:

[math]Y = X-\mathrm{SSVEP}[/math]

to wszystkie komponenty sygnału, które nas nie interesują.

Filtr przestrzenny, który chcemy zbudować powinien maksymalizować stosunek wariancji [math]\mathrm{SSVEP} = A S^T[/math] do wariancji [math]Y = X-\mathrm{SSVEP}[/math]. Macierz kowariancji powinna być uśredniona po powtórzeniach a kowariancja sygnału w każdym powtórzeniu powinna być znormalizowana poprzez podzielenie przez jej ślad (Matlabowa funkcja cov już wykonuje tę operację). Dalej możemy zastosować technikę znaną z konstrukcji filtrów CSP, tzn. maksymalizacji ilorazu Rayleigha za pomocą rozwiązania uogólnionego zagadnienia własnego dla macierzy kowariancji [math]\mathrm{SSVEP} [/math] i [math]Y [/math].

Poniżej prosta demonstracja dla danych zebranych EEG przy stymulacji SSVEP z częstotliwością 38 Hz.

Spakowane dane: Plik:PrzykladoweDaneSSVEP.mat.gz. W oparciu o powyższy opis proszę zaimplementować funkcję cosSinCSP. Prawidłowo zaimplementowana funkcja wraz z poniższym kodem powinna generować rysunek: Przykładowy skrypt i dane prezentujący konstrukcję i działanie tego typu filtrów przestrzennych dla pełnych danych z eksperymentu SSVEP: Plik:SSVEP demo csp.tar.gz

przykładowy skrypt 

% wczytujemy dane
load('PrzykladoweDaneSSVEP.mat');

[numberOfTrials numberOfChannels numberOfSamples] = size(X.data);
namesOfChannels = X.channels;
 
% numberOfChannels numberOfSamples numberOfTrials
W = zeros(numberOfChannels,numberOfChannels);
numberOfHarmonics = 3;
signal = X.data; % (  powtórzenie,  kanał, próbki)
 
S = zeros(size(signal));
W = cosSinCSP(signal,X.stimulation,numberOfHarmonics,X.sampling);
for powt = 1:size(signal,1)
    S(powt,:,:) = W'*squeeze(signal(powt,:,:));
end
 
figure('Name',['Stymulacja: ',num2str(X.stimulation),' Hz'])
for i =1:numberOfChannels
    % rysujemy widma uśrednione po realizacjach dla danych 
    % z oryginalnych kanałów EEG
    subplot(2,8,i)
    PP=0;
    for rep = 1:numberOfTrials
        x = squeeze(signal(rep,i,:));
        [Pxx,ff] = pwelch(x, X.sampling, 1, X.sampling, X.sampling);
        PP =PP + Pxx;
    end
    plot(ff(ff<60),PP(ff<60))
    title(namesOfChannels{i})
 
    % rysujemy widma uśrednione po realizacjach dla danych 
    % z estymowanych źródeł CSP
    subplot(2,8,8+i)
    PP=0;
    for rep = 1:numberOfTrials
        s = squeeze(S(rep,i,:));
        [Pss,ff]=pwelch(s, X.sampling, 1, X.sampling, X.sampling);
        PP =PP + Pss;
    end
    plot(ff(ff<60),PP(ff<60))
    title(['źródło CSP: ', num2str(i)])
end

ZADANIE: Analiza danych z eksperymentu własnego

1. Przefiltruj sygnały EEG w paśmie 1-45 Hz za pomocą procedury filtfilt.
2. Na podstawie sygnału trigger oraz danych zapisanych w pliku wyodrębnij sygnały EEG zarejestrowane w trakcie stymulacji z odpowiednimi częstościami.
3. Uśrednij sygnały odpowiadające stymulacji tą samą częstością.
4. Obejrzyj uśrednione sygnały. (Zaprezentuj je).

1. • Sposób I:
     • Dla każdej realizacji wyestymuj przy pomocy metody Welcha widmo mocy sygnału EEG.
     • Dla każdej częstości stymulacji wyznacz poziom tła na podstawie widm pochodzących ze stymulacji innymi częstościami. Np. dla stymulacji częstością 10 Hz poziom tła można wyznaczyć jako 95 centyl ze zbioru wartości widma w częstości 10 Hz dla stymulacji częstościami {4, 7, 13, 16, 20, 25, 30, 35, 40} Hz.
     • Dla każdej częstości stymulacji wyznacz miarę odpowiedzi SSVEP (amplitudę widma odpowiadającą częstości stymulacji powyżej poziomy tła dla pojedynczej próby).
     • Zaprezentuj widma otrzymane przy stymulacjach różnymi częstościami wraz z korytarzem odpowwiadajacym 95% przedziałowi ufności wyznaczonemu dla widm z pojedynczych realizacji.
     • Sporządź wykres odpowiedzi SSVEP od częstości z zaznaczeniem przedziałów ufności i poziomu tła.
   • Sposób II:
     • Wyestumuj filtr CSP-SSVEP wspólny dla wszystkich częstości stymulacji
     • Powtórz kroki ze sposobu I dla uzyskanych komponentów.
     • Zaprezentuj filtry przestrzenne i topografie dla poszczególnych komponentów
     • Dla przypomnienia:
       • Filtr to zestaw współczynników z jakimi należy zsumować sygnały z poszczególnych kanałów EEG aby dostać komponenty odpowiadające hipotetycznym źródłom nieskorelowanym. Filtr można zilustrować na głowie, przypisując poszczególnym pozycjom elektrod wagi równe współrzędnym wektora w (kolumna macierzy W).
       • Topografia źródła to zestaw współczynników z jakimi docierają one do poszczególnych kanałów EEG. Topografia zawarta jest w wierszach macierzy odwrotnej do W.
     • Można rysunki wykonać jako macierze 5x5 i w pozycji elektrody kolorujemy proporcjonalnie do współczynnika.

SSVEP-BCI

W zajęciach tych przydadzą nam się informacje z: https://brain.fuw.edu.pl/edu/index.php/Laboratorium_EEG/Wprowadzenie_do_syg_online

Wstęp

Naszym celem będzie stworzenie prostego interfejsu wykorzystującego zjawisko SSVEP. Po dwóch stronach monitora zamocujemy diody. Każda będzie migać ze swoją ustaloną częstością (np. 16 i 22 Hz) - warto zadbać aby nie były to częstości powiązane ze sobą harmonicznie, a z drugiej strony aby, biorąc pod uwagę wyniki poprzedniego zadania, dawały dobra odpowiedź SSVEP.

Eksperyment będzie miał dwie cześci: sesję kalibracje i sesję on-line. Pomiędzy tymi sesjami będziemy uczyć kalsyfikator. Na podstawie części kalibracyjnej ustalimy jakie parametry przetwarznego on-line sygnału świadczą o patrzeniu się na diodę z lewej a jakie na tą z prawej strony ekranu.

Potem w sesji online będziemy porównywać (za pomocą predykcji klasyfikatora) rejestrowany sygnał z tymi warościami kalibracyjnymi i na tej podstawie system będzie zwracał informację o wyborze lewej lub prawej diody. To powinno umożliwić prostą komunikację na zasadzie pytanie i odpowiedź TAK/NIE.

Sesja kalibracycjna

• Zakładamy czepek
• Częstość próbkowania ustawiamy na 256Hz
• Na podstawie kodu: https://brain.fuw.edu.pl/edu/index.php/Laboratorium_EEG/Wprowadzenie_do_syg_online#.C4.86wiczenie:_Wykorzystanie_pomiaru_EMG_do_sterowania_on-line

tworzymy programik, który zamiast pętli while tworzy odpowiednie pętle for aby:

• pięciokrotnie zarejestrować sekwencję trzech warunków eksperymentalnych:
  • patrz 5s na diodę z lewej (warunek l)
  • patrz 5s na środek ekranu (warunek s)
  • patrz 5s na diodę z prawej (warunek p)
• w czasie tego patrzenia:
  • odbieramy próbki w pakietach o długości 0.5s
  • każdy pakiet filtrujem (technika filtrowania on-line) w pasmach dookoła wybranych dwóch częstości (PASMO_LEWE / PASMO_PRAWE)
  • przefiltrowany pakiet przeliczamy na RMS
  • zbieramy sześć zbiorów wyników - zestawy RMSów związane z każdym z waunków kalibracyjnych (LEWY/SPOCZYNEK/PRAWY) dla PASMO_LEWE i PASMO_PRAWE.
• Normalizujemy RMSy. Dla pasma lewego obliczamy (RMS_(l/p/s) - np.mean(RMS_s)) / np.sdt(RMS_s) i analogicznie dla pasma prawego. Małe indeksy oznaczaają tu warunki. Zapamiętujemy współczynniki normalizacyjne.
  • Ogladamy rozkłady uzyskanych wielkości (znormalizowanych RMSów).
  • Uczymy klasyfikator np. regresję logistyczną (https://scikit-learn.org/stable/modules/generated/sklearn.linear_model.LogisticRegression.html) do rozpoznawania, z którym warunkiem patrzenia mamy do czynienia.

Sesja online

• wczytujemy wyuczony model i kalibracyjne wartości np.mean(RMS_s)) i np.sdt(RMS_s) dla pasm lewego i prawego
• Odbieramy próbki w pakietach o długości 0.5s
  • każdy pakiet filtrujem (technika filtrowania on-line) w pasmach dookoła wybranych dwóch częstości (PASMO_LEWE / PASMO_PRAWE)
  • przefiltrowany pakiet przeliczamy na RMS
  • Normalizujemy RMSy. Dla pasma lewego obliczamy (RMS_(l/p/s) - np.mean(RMS_s)) / np.sdt(RMS_s) i analogicznie dla pasma prawego. Małe indeksy oznaczaają tu warunki.
  • robimy predykcję klasyfikatora, z którym warunkiem patrzenia mamy do czynienia. Wyświetlamy na ekranie komunikat.
• Testujemy czy powyższy schemat analizy pozwala na komunikację.

ICA jako filtr przestrzenny

Wstęp teoretyczny do ICA 

Definicja

Independent Component Analysis (ICA) jest metodą statystycznej analizy sygnałów, która dokonuje dekompozycji wielokanałowych zapisów na składowe niezależne w sensie statystycznym. Dwie składowe s₁ i s₂ są niezależne jeżeli wiedza o wartości s₁ nie daje żadnych informacji o możliwych wartościach s₂. ICA może być wyrażona przez prosty model generatywny:

x = Ds

gdzie x = {x¹, x², ..., xⁿ} jest zmierzonym n kanałowym sygnałem, D jest macierzą mieszającą zaś s = {s¹, s², ..., sⁿ} jest aktywnością n źródeł. Podstawowym założeniem dotyczącym s jest to, że sⁱ są statystycznie niezależne. Aby wyestymować model musimy też założyć, że składowe mają niegaussowskie rozkłady wartości (Hyvärinen, 2000).

Dodatkowo model ten zakłada następujące fakty:

1. Sygnał jest liniową mieszaniną aktywności źródeł
2. Sygnały pochodzące z każdego ze źródeł są niezależne od pozostałych
3. Źródła oraz proces ich mieszania są stacjonarne, tzn, ich momenty statystyczne nie zależą od czasu
4. Energie (wariancje) źródeł nie mogą być wyznaczone jednoznacznie. Dzieje się tak ponieważ pomnożenie amplitudy i-tego źródła może być uzyskane poprzez przemnożenie albo sⁱ albo przez przemnożenie i-tej kolumny macierzy D. Naturalnym rozwiązaniem tej niejednoznaczności jest wprowadzenie konwencji, że komponenty są normowane tak aby miały wariancję 1: E[(sⁱ)²] = 1.
5. Kolejność komponentów jest dowolna. Bo jeśli w ten sam sposób zmienimy kolejność komponentów w s i kolumn w D to dostaniemy dokładnie ten sam sygnał x.

Głównym wyzwaniem w analizie ICA jest estymacja macierzy mieszającej D. Gdy jest ona znana to komponenty mogą być wyliczone w następujący sposób:

s = D⁻¹x

Estymacja

Znalezienie niezależnych komponentów może być rozważane w świetle Centralnego Twierdzenia Granicznego jako poszukiwanie komponentów o możliwie nie gaussowskim rozkładzie. Aby zrozumieć to podejście prześledźmy heurystykę zaproponowaną przez (Hyvärinen, 2000). Dla prostoty załóżmy, że poszukiwane źródła niezależne mają identyczne rozkłady. Zdefiniujmy

y = w^Tx.

Zauważmy, że jeśli

w

jest jedną z kolumn macierzy

D⁻¹,

to y jest jednym z poszukiwanych komponentów. Zamieniając zmienne

z = D^Tw

możemy napisać

y = w^Tx = w^TDs = z^Ts.

Uwidacznia to fakt, że y jest liniową kombinacją składowych sⁱ z wagami danymi przez z_i.

Z centralnego twierdzenia granicznego wynika, że suma niezależnych zmiennych losowych ma bardziej gaussowski charakter niż każda z tych zmiennych osobno. Liniowa kombinacja staje się najmniej gaussowska gdy z ma tylko jeden element niezerowy. W tym przypadku y jest proporcjonalny do sⁱ. Zatem problem estymacji modelu ICA może być sformułowany jako problem znalezienia takiego wektora w, który maksymalizuje niegaussowskość

y = w^Tx.

Maksymalizacja niegaussowskości y daje jeden niezależny komponent odpowiadający jednemu z 2n maksimów (bo mamy sⁱ i −sⁱ) w krajobrazie optymalizacyjnym. Aby znaleźć wszystkie niezależne komponenty musimy znaleźć wszystkie maksima. Ponieważ komponenty są nieskorelowane, to poszukiwania kolejnych komponentów można kontynuować w podprzestrzeni ortogonalnej do już znalezionych komponentów.

Obliczenia

Intuicyjna heurystyka poszukiwania najbardziej niegaussowskich składowych może być użyta do wyprowadzenia różnych funkcji kosztu, których optymalizacja daje model ICA, np. kurtoza.

[math]kurt(y) = E\{y^4\} - 3(E{y^2})^2[/math]

Inną miarą gassowskości jest neg-entropia, którą można wyprowadzić z entropii: Entropia jest miarą średniego zdziwienia wynikiem obserwacji zmiennej losowej: [math]H(Y) = - \sum_i P(Y= a_i) \log(P(Y=a_i)) [/math]

Negentropia jest zdefiniowana:

[math] J(y) = H(y_{gauss}) -H(y)[/math] gdzie [math] y_{gauss} [/math] jest gassuwską zmienną losową o takiej samej kowaiancji jak [math] y [/math].

Negentropia jest skomplikowana obliczeniow, więc w praktyce używana jest formuła przybliżona:

[math] J(y) \varpropto [E\{G (y)\} - E\{G(\nu)\}][/math]

[math]\nu [/math] jest zmienną losową ze standardowego rozkładu normalnego , a G są pewnymi niekwadratowymi funkcjami.

W algorytmie FastICA extremum negentropii jest znajdowane w procedurze bazującej na optymalizacji Netwona. (szczegóły np.: sekcja 6 w https://www.cs.helsinki.fi/u/ahyvarin/papers/NN00new.pdf)

Procedura wykorzystywana w eeglabie („runica”, Makeig 1996) dąży do minimalizacji informacji wzajemnej. Oba podejścia są w przybliżeniu równoważne (Hyvärinen, 2000), chociaż owo przybliżenie dla sygnałów elektrofizjologicznych nie zostało to jeszcze w pełni wyeksplorowane. Dla sygnałów o niskiej wymiarowości i spełniających dokładnie założenia ICA wszystkie powszechnie wykorzystywane algorytmy dają niemal identyczne wyniki.

Bardzo ważna uwaga

ogólną zasadą jest, że jeśli estymujemy N stabilnych komponentów (z N-kanałowych danych) to musimy dysponować kN² punktami danych w każdym kanale, gdzie N² jest liczbą elementów w macierzy D, którą ICA próbuje wyestymować, k jest liczbą całkowitą. Nie ma dobrych oszacowań teoretycznych na wielkość k, z praktycznych obserwacji wynika, że rośnie ona z liczbą kanałów.

Możliwe zastosowania

Najczęściej ICA jest stosowana jako narzędzie do:

• usuwania artefaktów z sygnałów EEG (ruchy oczu i mięśnie)
• wydobywania składowych do dalszej analizy (Onton, 2006)
• jako analiza wstępna do lokalizacji źródeł (Grau, 2007).
• ICA jest także stosowana w analize sygnałów EKG i EMG.

Bibliografia

Bazowa praca:

• A. Hyvärinen. Fast and Robust Fixed-Point Algorithms for Independent Component Analysis. IEEE Transactions on Neural Networks 10(3):626-634, 1999 http://www.cs.helsinki.fi/u/ahyvarin/papers/TNN99_reprint.pdf

Nieco prościej opisana wersja z przykładami:

• Hyvärinen, A. and Oja, E. (2000). Independent component analysis: Algorithms and applications. Neural Networks, 13(4-5):411–430.

https://www.cs.helsinki.fi/u/ahyvarin/papers/NN00new.pdf

• Grau, C., Fuentemilla, L., Marco-Pallars, J. (2007). Functional neural dynamics underlying auditory event-related n1 and n1 suppression response. Neuroimage, 36(6):522–31.
• Makeig, S., Bell, A., Jung, T.-P., Sejnowski,T. (1996). Independent component analysis of electroencephalographic data. W: Touretzky, D., Mozer, M., and Hasselmo, M., editors, Advances in Neural Information Processing Systems, volume 8, pages 145–151. MIT Press, Cambridge, MA.
• Onton, J., Makeig, S. (2006). Information-based modeling of event-related brain dynamics. Prog Brain Res., 159:99–120.
• Tutorial: http://sccn.ucsd.edu/wiki/Chapter_09:_Decomposing_Data_Using_ICA
• http://sccn.ucsd.edu/~arno/indexica.html
• http://cis.legacy.ics.tkk.fi/aapo/papers/IJCNN99_tutorialweb/

Wydobywanie interesujących komponentów 

ZADANIE: Wydobywanie interesujących komponentów

Dane do tej części ćwiczeń proszę pobrać i rozpakować w swoim katalogu: http://www.fuw.edu.pl/~jarekz/LabEEG/Dane_do_ICA_alfa.tar.gz

Pochodzą one z eksperymentu, w którym osoba badana siedziała z zamkniętymi oczami słuchając nagrania czytanego spokojnym głosem. Metadane opisujące sygnał znajdują się w pliku Miro.xml, zaś lokalizacje elektrod w pliku Miro-10-20-Cap.locs.

Proszę:

• wczytać dane do eeglaba
• wyedytować lokalizację elektrod
• usunąć kanały nie zawierające EEG
• zmienić referencje na średnią z kanałów A1 i A2
• przefiltrować filtrem FIR górnoprzepustowym z częstością odcięcia 0,5 Hz
• obejrzeć wstępnie przygotowane dane
• policzyć ICA na całym sygnale
• obejrzeć właściwości otrzymanych komponentów
  • Czy są wśród nich takie, które zawierają znaczny udział rytmu alfa?
  • Jaka jest ich topografia?
• usunąć wszystkie komponenty nie zawierające alfy
• odtworzyć z tych komponentów sygnał na elektrodach
• wykonać dekompozycję ICA kilkukrotnie (co najmniej 3) i porównać wyniki
  • Czy uzyskiwane komponenty są powtarzalne?
  • Swoje wyniki porównać też z sąsiednimi grupami.

ZADANIE: Identyfikacja artefaktów

Proszę pobrać dane:

• http://www.fuw.edu.pl/~jarekz/LabEEG/Arousal-10-20-Cap.locs
• http://www.fuw.edu.pl/~jarekz/LabEEG/Arousal1.set
• http://www.fuw.edu.pl/~jarekz/LabEEG/Arousal1.fdt

Pochodzą one z eksperymentu w którym osoba badana czytała słowa o różnych właściwościach wzbudzania emocji.

• wczytaj je do eeglaba
• wczytaj lokalizację kanałów z pliku Arousal-10-20-Cap.locs
• obejrzyj przebiegi czasowe
• odrzuć kanał z diodą (21) i z GSR (20)
• zrób dekompozycję ICA
• obejrzyj topografię komponentów
• zidentyfikuj komponenty odpowiadające mruganiu i aktywności mięśniowej.

UWAGA

Aktualnie do wykrywania komponentów artefaktowych warto posłużyć się wtyczkami do eeglaba dostępnymi przez stronę:

https://sccn.ucsd.edu/eeglab/plugin_uploader/plugin_list_all.php

• ICLabel
• MARA

W raporcie:

• zaprezentuj fragmenty sygnału zawierającego artefakty oczne i mięśniowe przed i po zastosowaniu czyszczenia poprzez usuwanie komponentów zdominowanych przez artefakty.
• zaprezentuj topografię i przebiegi czasowe komponentów zidentyfikowanych jako artefakty oczne i mięśniowe.